Molecular dynamics (MD) simulation has become a powerful tool to investigate the structure-function relationship of proteins and other biological macromolecules at atomic resolution and biologically relevant timescales. MD simulations often produce massive datasets containing millions of snapshots describing proteins in motion. Therefore, clustering algorithms have been in high demand to be developed and applied to classify these MD snapshots and gain biological insights. There mainly exist two categories of clustering algorithms that aim to group protein conformations into clusters based on the similarity of their shape (geometric clustering) and kinetics (kinetic clustering). In this paper, we review a series of frequently used clustering algorithms applied in MD simulations, including divisive algorithms, agglomerative algorithms (single-linkage, complete-linkage, average-linkage, centroid-linkage and ward-linkage), center-based algorithms (K-Means, K-Medoids, K-Centers, and APM), density-based algorithms (neighbor-based, DBSCAN, density-peaks, and Robust-DB), and spectral-based algorithms (PCCA and PCCA+). In particular, differences between geometric and kinetic clustering metrics will be discussed along with the performances of different clustering algorithms. We note that there does not exist a one-size-fits-all algorithm in the classification of MD datasets. For a specific application, the right choice of clustering algorithm should be based on the purpose of clustering, and the intrinsic properties of the MD conformational ensembles. Therefore, a main focus of our review is to describe the merits and limitations of each clustering algorithm. We expect that this review would be helpful to guide researchers to choose appropriate clustering algorithms for their own MD datasets.

[1]
J. A.
McCammon
,
B. R.
Gelin
, and
M.
Karplus
,
Nature
267
,
585
(
1977
).
[3]
J. A.
Marsh
and
S. A.
Teichmann
,
Annu. Rev. Biochem.
84
,
551
(
2015
).
[4]
P. W.
Rose
,
A.
Prlić
,
A.
Altunkaya
,
C. X.
Bi
,
A. R.
Bradley
,
C. H.
Christie
,
L.
Di Costanzo
,
J. M.
Duarte
,
S.
Dutta
,
Z. K.
Feng
,
R. K.
Green
,
D. S.
Goodsell
,
B.
Hudson
,
T.
Kalro
,
R.
Lowe
,
E.
Peisach
,
C.
Randle
,
A. S.
Rose
,
C. H.
Shao
,
Y. P.
Tao
,
Y.
Valasatava
,
M.
Voigt
,
J. D.
Westbrook
,
J.
Woo
,
H. W.
Yang
,
J. Y.
Young
,
C.
Zardecki
,
H. M.
Berman
, and
S. K.
Burley
,
Nucleic Acids. Res.
45
,
D271
(
2017
).
[5]
S.
Pronk
,
S.
Páll
,
R.
Schulz
,
P.
Larsson
,
P.
Bjelkmar
,
R.
Apostolov
,
M. R.
Shirts
,
J. C.
Smith
,
P. M.
Kasson
,
D.
Van Der Spoel
,
B.
Hess
, and
E.
Lindahl
,
Bioinformatics
29
,
845
(
2013
).
[6]
M. J.
Abraham
,
T.
Murtola
,
R.
Schulz
,
S.
Páll
,
J. C.
Smith
,
B.
Hess
, and
E.
Lindahl
,
SoftwareX
1-2
,
19
(
2015
).
[7]
R.
Salomon-Ferrer
,
D. A.
Case
, and
R. C.
Walker
,
WIREs
3
,
198
(
2013
).
[8]
J. C.
Phillips
,
R.
Braun
,
W.
Wang
,
J.
Gumbart
,
E.
Tajkhorshid
,
E.
Villa
,
C.
Chipot
,
R. D.
Skeel
,
L.
Kal
, and
K.
Schulten
,
J. Comput. Chem.
26
,
1781
(
2005
).
[9]
D. E.
Shaw
,
M. M.
Deneroff
,
R. O.
Dror
,
J. S.
Kuskin
,
R. H.
Larson
,
J. K.
Salmon
,
C.
Young
,
B.
Batson
,
K. J.
Bowers
,
J. C.
Chao
,
M. P.
Eastwood
,
J.
Gagliardo
,
J. P.
Grossman
,
C. R.
Ho
,
D. J.
Ierardi
,
I.
Kolossvry
,
J. L.
Klepeis
,
T.
Layman
,
C.
McLeavey
,
M. A.
Moraes
,
R.
Mueller
,
E. C.
Priest
,
Y. B.
Shan
,
J.
Spengler
,
M.
Theobald
,
B.
Towles
, and
S. C.
Wang
,
Commun. ACM
51
,
91
(
2008
).
[10]
M.
Karplus
and
J. A.
McCammon
,
Nat. Struct. Biol.
9
,
646
(
2002
).
[11]
R. O.
Dror
,
R. M.
Dirks
,
J. P.
Grossman
,
H. F.
Xu
, and
D. E.
Shaw
,
Annu. Rev. Biophys.
41
,
429
(
2012
).
[12]
J. L.
Klepeis
,
K.
Lindorff-Larsen
,
R. O.
Dror
, and
D. E.
Shaw
,
Curr. Opin. Struct. Biol.
19
,
120
(
2009
).
[13]
F. R.
Salsbury
 Jr.
,
Curr. Opin. Struct. Biol.
10
,
738
(
2010
).
[14]
J. D.
Durrant
and
J. A.
McCammon
,
BMC Biol.
9
,
71
(
2011
).
[15]
X. W.
Liu
,
D. F.
Shi
,
S. Y.
Zhou
,
H. L.
Liu
,
H. X.
Liu
, and
X. J.
Yao
,
Exp. Opin. Drug Discovery
13
,
23
(
2018
).
[16]
J. R.
Perilla
,
B. C.
Goh
,
C. K.
Cassidy
,
B.
Liu
,
R. C.
Bernardi
,
T.
Rudack
,
H.
Yu
,
Z.
Wu
, and
K.
Schulten
,
Curr. Opin. Struct. Biol.
31
,
64
(
2015
).
[17]
M. C.
Childers
and
V.
Daggett
,
Mol. Syst. Des. Eng.
2
,
9
(
2017
).
[18]
A.
Chevalier
,
D. A.
Silva
,
G. J.
Rocklin
,
D. R.
Hicks
,
R.
Vergara
,
P.
Murapa
,
S. M.
Bernard
,
L.
Zhang
,
K. H.
Lam
,
G. R.
Yao
,
C. D.
Bahl
,
S. I.
Miyashita
,
I.
Goreshnik
,
J. T.
Fuller
,
M. T.
Koday
,
C. M.
Jenkins
,
T.
Colvin
,
L.
Carter
,
A.
Bohn
,
C. M.
Bryan
,
D. A.
Fernndez-Velasco
,
L.
Stewart
,
M.
Dong
,
X. H.
Huang
,
R. S.
Jin
,
I. A.
Wilson
,
D. H.
Fuller
, and
D.
Baker
,
Nature
550
,
74
(
2017
).
[19]
A.
Hospital
,
J. R.
Goñi
,
M.
Orozco
, and
J. L.
Gelpí
,
Adv. Appl. Bioinform. Chem.
8
,
37
(
2015
).
[20]
D. E.
Shaw
,
J. P.
Grossman
,
J. A.
Bank
,
B.
Batson
,
J. A.
Butts
,
J. C.
Chao
,
M. M.
Deneroff
,
R. O.
Dror
,
A.
Even
,
C. H.
Fenton
,
A.
Forte
,
J.
Gagliardo
,
G.
Gill
,
B.
Greskamp
,
C. R.
Ho
,
D. J.
Ierardi
,
L.
Iserovich
,
J. S.
Kuskin
,
R. H.
Larson
,
T.
Layman
,
L. S.
Lee
,
A. K.
Lerer
,
C.
Li
,
D.
Killebrew
,
K. M.
Mackenzie
,
S. Y. H.
Mok
,
M. A.
Moraes
,
R.
Mueller
,
L. J.
Nociolo
,
J. L.
Peticolas
,
T.
Quan
,
D.
Ramot
,
J. K.
Salmon
,
D. P.
Scarpazza
,
U.
Ben Schafer
,
N.
Siddique
,
C. W.
Snyder
,
J.
Spengler
,
P. T. P.
Tang
,
M.
Theobald
,
H.
Toma
,
B.
Towles
,
B.
Vitale
,
S. C.
Wang
, and
C.
Young
,
Proceedings of the International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis
,
New Orleans, LA, USA
:
IEEE
,
41
(
2014
).
[21]
S.
Doerr
,
M. J.
Harvey
,
F.
Noé
, and
G.
De Fabritiis
,
J. Chem. Theory Comput.
12
,
1845
(
2016
).
[22]
A. E.
Torda
and
W. F.
Van Gunsteren
,
J. Comput. Chem.
15
,
1331
(
1994
).
[23]
J. Y.
Shao
,
S. W.
Tanner
,
N.
Thompson
, and
T. E.
Cheatham
,
J. Chem. Theory Comput.
3
,
2312
(
2007
).
[24]
B.
Keller
,
X.
Daura
, and
W. F.
Van Gunsteren
,
J. Chem. Phys.
132
,
074110
(
2010
).
[25]
J. L.
Phillips
,
M. E.
Colvin
, and
S.
Newsam
,
BMC Bioinformatics
12
,
445
(
2011
).
[26]
G. R.
Bowman
,
L. M.
Meng
, and
X. H.
Huang
,
J. Chem. Phys.
139
,
121905
(
2013
).
[27]
K. A.
Beauchamp
,
R.
McGibbon
,
Y. S.
Lin
, and
V. S.
Pande
,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA
109
,
17807
(
2012
).
[28]
G.
Jayachandran
,
V.
Vishal
, and
V. S.
Pande
,
J. Chem. Phys.
124
,
164902
(
2006
).
[29]
V. S.
Pande
,
K.
Beauchamp
, and
G. R.
Bowman
,
Methods
52
,
99
(
2010
).
[30]
J. D.
Chodera
and
F.
Noé
,
Curr. Opin. Struct. Biol.
25
,
135
(
2014
).
[31]
L. T.
Da
,
F. K.
Sheong
,
D. A.
Silva
, and
X. H.
Huang
,
Protein Conformational Dynamics
,
K. L.
Han
,
X.
Zhang
, and
M. J.
Yang
Eds.,
Cham
:
Springer
,
805
,
29
(
2014
).
[32]
D. A.
Silva
,
D. R.
Weiss
,
F.
Pardo Avila
,
L. T.
Da
,
M.
Levitt
,
D.
Wang
, and
X. H.
Huang
,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA
111
,
7665
(
2014
).
[33]
S.
Gu
,
D. A.
Silva
,
L. M.
Meng
,
A.
Yue
, and
X. H.
Huang
,
PLoS Comput. Biol.
10
,
e1003767
(
2014
).
[34]
L. T.
Da
,
F.
Pardo-Avila
,
L.
Xu
,
D. A.
Silva
,
L.
Zhang
,
X.
Gao
,
D.
Wang
, and
X. H.
Huang
,
Nat. Commun.
7
,
11244
(
2016
).
[35]
W.
Wang
,
S. Q.
Cao
,
L. Z.
Zhu
, and
X. H.
Huang
,
WIREs
8
,
e1343
(
2018
).
[36]
J. D.
Chodera
,
N.
Singhal
,
V. S.
Pande
,
K. A.
Dill
, and
W. C.
Swope
,
J. Chem. Phys.
126
,
155101
(
2007
).
[37]
G. R.
Bowman
,
K. A.
Beauchamp
,
G.
Boxer
, and
V. S.
Pande
,
J. Chem. Phys.
131
,
124101
(
2009
).
[38]
F.
Noé
and
S.
Fischer
,
Curr. Opin. Struct. Biol.
18
,
154
(
2008
).
[39]
D.
Shukla
,
C. X.
Hernndez
,
J. K.
Weber
, and
V. S.
Pande
,
Acc. Chem. Res.
48
,
414
(
2015
).
[40]
E.
Godehardt
,
C. J. E. Ter
Braak
,
M.
Roux
,
R. K.
Blashfield
,
P.
Rousseau
,
P. G.
Bryant
, and
R. J.
Hathaway
,
J. Classif.
8
,
269
(
1991
).
[41]
P.
Arabie
,
L. J.
Hubert
, and
G.
De Soete
,
Clustering and Classification
,
Singapore
:
World Scientific
, (
1996
).
[42]
A. K.
Jain
,
M. N.
Murty
, and
P. J.
Flynn
,
ACM Comput. Surv.
31
,
264
(
1999
).
[43]
A. K.
Jain
,
Patt. Recognit. Lett.
31
,
651
(
2010
).
[44]
A.
Saxena
,
M.
Prasad
,
A.
Gupta
,
N.
Bharill
,
O. P.
Patel
,
A.
Tiwari
,
M. J.
Er
,
W.
Ding
, and
C. T.
Lin
,
Neurocomputing
267
,
664
(
2017
).
[45]
M. E.
Karpen
,
D. J.
Tobias
, and
C. L.
Brooks
 III
,
Biochemistry
32
,
412
(
1993
).
[46]
A. G.
Michel
and
C.
Jeandenans
,
Comput. Chem.
17
,
49
(
1993
).
[47]
P. S.
Shenkin
and
D. Q.
McDonald
,
J. Comput. Chem.
15
,
899
(
1994
).
[48]
J. M.
Troyer
and
F. E.
Cohen
,
Proteins
23
,
97
(
1995
).
[49]
X.
Daura
,
W. F.
Van Gunsteren
, and
A. E.
Mark
,
Proteins
34
,
269
(
1999
).
[50]
J.
Gabarro-Arpa
and
R.
Revilla
,
Comput. Chem.
24
,
693
(
2000
).
[51]
M. T.
Hyvönen
,
Y.
Hiltunen
,
W.
El-Deredy
,
T.
Ojala
,
J.
Vaara
,
P. T.
Kovanen
, and
M.
Ala-Korpela
,
J. Am. Chem. Soc.
123
,
810
(
2001
).
[52]
C.
Best
and
H. C.
Hege
,
Comput. Sci. Eng.
4
,
68
(
2002
).
[53]
M.
Feher
and
J. M.
Schmidt
,
J. Chem. Inf. Comput. Sci.
43
,
810
(
2003
).
[54]
P.
Deuflhard
and
M.
Weber
,
Linear Algebra Appl.
398
,
161
(
2005
).
[55]
Y.
Li
,
J. Chem. Inf. Model.
46
,
1742
(
2006
).
[56]
F.
Noé
,
I.
Horenko
,
C.
Schtte
, and
J. C.
Smith
,
J. Chem. Phys.
126
,
155102
(
2007
).
[57]
J. L.
Phillips
,
M. E.
Colvin
,
E. Y.
Lau
, and
S.
Newsam
,
Proceedings of 2008 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshops
,
Philadelphia, PA, USA
:
IEEE
,
17
(
2008
).
[58]
D.
Fraccalvieri
,
A.
Pandini
,
F.
Stella
, and
L.
Bonati
,
BMC Bioinformatics
12
,
158
(
2011
).
[59]
F.
Haack
,
K.
Fackeldey
,
S.
Röblitz
,
O.
Scharkoi
,
M.
Weber
, and
B.
Schmidt
,
J. Chem. Phys.
139
,
194110
(
2013
).
[60]
Y. T.
Zhao
,
F. K.
Sheong
,
J.
Sun
,
P.
Sander
, and
X. H.
Huang
,
J. Comput. Chem.
34
,
95
(
2013
).
[61]
Y.
Yao
,
R. Z.
Cui
,
G. R.
Bowman
,
D. A.
Silva
,
J.
Sun
, and
X. H.
Huang
,
J. Chem. Phys.
138
,
174106
(
2013
).
[62]
G.
Pérez-Hernández
,
F.
Paul
,
T.
Giorgino
,
G.
De Fabritiis
, and
F.
Noé
,
J. Chem. Phys.
139
,
015102
(
2013
).
[63]
G.
Bouvier
,
N.
Desdouits
,
M.
Ferber
,
A.
Blondel
, and
M.
Nilges
,
Bioinformatics
31
,
1490
(
2015
).
[64]
F. K.
Sheong
,
D. A.
Silva
,
L. M
Meng
,
Y. T.
Zhao
, and
X. H.
Huang
,
J. Chem. Theory Comput.
11
,
17
(
2015
).
[65]
T. M.
Abramyan
,
J. A.
Snyder
,
A. A.
Thyparambil
,
S. J.
Stuart
, and
R. A.
Latour
,
J. Comput. Chem.
37
,
1973
(
2016
).
[66]
O.
Lemke
and
B. G.
Keller
,
J. Chem. Phys.
145
,
164104
(
2016
).
[67]
F.
Sittel
and
G.
Stock
,
J. Chem. Theory Comput.
12
,
2426
(
2016
).
[68]
H. V.
Dang
,
B.
Schmidt
,
A.
Hildebrandt
,
T. T.
Tran
, and
A. K.
Hildebrandt
,
Int. J. High Perform. Comput. Appl.
30
,
200
(
2016
).
[69]
V. C.
De Souza
,
L.
Goliatt
, and
P. V. Z. C.
Goliatt
,
Proceedings of 2017 IEEE Latin American Conference on Computational Intelligence, Arequipa
,
Peru
:
IEEE
, (
2017
).
[70]
B. E.
Husic
and
V. S.
Pande
,
J. Chem. Theory Comput.
13
,
963
(
2017
).
[71]
S.
Liu
,
L. Z.
Zhu
,
F. K.
Sheong
,
W.
Wang
, and
X. H.
Huang
,
J. Comput. Chem.
38
,
152
(
2017
).
[72]
D.
Shortle
,
K. T.
Simons
, and
D.
Baker
,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA
95
,
11158
(
1998
).
[73]
D.
Chema
and
A.
Goldblum
,
J. Chem. Inf. Comput. Sci.
43
,
208
(
2003
).
[74]
C. R.
Schwantes
and
V. S.
Pande
,
J. Chem. Theory Comput.
9
,
2000
(
2013
).
[75]
S. T.
Xu
,
S. X.
Zou
, and
L. C.
Wang
,
J. Comput. Biol.
22
,
436
(
2015
).
[76]
G. R.
Bowman
,
J. Chem. Phys.
137
,
134111
(
2012
).
[77]
P.
Deuflhard
,
W.
Huisinga
,
A.
Fischer
, and
C.
Schtte
,
Linear Algebra Appl.
315
,
39
(
2000
).
[78]
R.
De Paris
,
C. V.
Quevedo
,
D. D. A.
Ruiz
, and
O. N.
De Souza
,
PLoS One
10
,
e0133172
(
2015
).
[79]
Y.
Li
and
Z. G.
Dong
,
J. Chem. Inf. Model.
56
,
1205
(
2016
).
[80]
A.
Wolf
and
K. N.
Kirschner
,
J. Mol. Model.
19
,
539
(
2013
).
[82]
J. H.
Ward
 Jr.
,
J. Am. Stat. Assoc.
58
,
236
(
1963
).
[83]
F.
Murtagh
and
P.
Legendre
,
J. Classif.
31
,
274
(
2014
).
[84]
D.
Müllner
,
Modern Hierarchical, Agglomerative Clustering algorithms
, arXiv preprint arXiv:1109.2378, (
2011
).
[85]
N. G.
Sgourakis
,
M.
Merced-Serrano
,
C.
Boutsidis
,
P.
Drineas
,
Z. M.
Du
,
C. Y.
Wang
, and
A. E.
Garcia
,
J. Mol. Biol.
405
,
570
(
2011
).
[86]
L. Z.
Zhu
,
F. K.
Sheong
,
X. Z.
Zeng
, and
X. H.
Huang
,
Phys. Chem. Chem. Phys.
18
,
30228
(
2016
).
[87]
G. R.
Bowman
,
X. H.
Huang
, and
V. S.
Pande
,
Methods
49
,
197
(
2009
).
[88]
[89]
S. P.
Lloyd
,
IEEE Trans. Inf. Theory
28
,
129
(
1982
).
[90]
L.
Zhang
,
F.
Pardo-Avila
,
I. C.
Unarta
,
P. P. H.
Cheung
,
G.
Wang
,
D.
Wang
, and
X. H.
Huang
,
Acc. Chem. Res.
49
,
687
(
2016
).
[91]
F.
No
,
C.
Schtte
,
E.
Vanden-Eijnden
,
L.
Reich
, and
T. R.
Weikl
,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA
106
,
19011
(
2009
).
[92]
K. A.
Beauchamp
,
G. R.
Bowman
,
T. J.
Lane
,
L.
Maibaum
,
I. S.
Haque
, and
V. S.
Pande
,
J. Chem. Theory Comput.
7
,
3412
(
2011
).
[93]
L. M.
Meng
,
F. K.
Sheong
,
X. Z.
Zeng
,
L. Z.
Zhu
, and
X. H.
Huang
,
J. Chem. Phys.
147
,
044112
(
2017
).
[94]
H. L.
Jiang
,
F. K.
Sheong
,
L. Z.
Zhu
,
X.
Gao
,
J.
Bernauer
, and
X. H.
Huang
,
PLoS Comput. Biol.
11
,
e1004404
(
2015
).
[95]
H.
Jiang
,
L. Z.
Zhu
,
A.
Héliou
,
X.
Gao
,
J.
Bernauer
, and
X. H.
Huang
,
Drug Target miRNA: Methods and Protocols
,
M. F.
Schmidt
Ed.,
New York, NY
:
Humana Press
,
251
(
2017
).
[96]
X. Z.
Zeng
,
B.
Li
,
Q.
Qiao
,
L. Z.
Zhu
,
Z. Y.
Lu
, and
X. H.
Huang
,
Phys. Chem. Chem. Phys.
18
,
23494
(
2016
).
[97]
Y.
Cao
,
X. H.
Jiang
, and
W.
Han
,
J. Chem. Theory Comput.
13
,
5731
(
2017
).
[98]
M.
Ester
,
H. P.
Kriegel
,
J.
Sander
, and
X. W.
Xu
,
Proceedings of the 2nd International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining
,
Portland, OR
(
1996
).
[99]
N.
Beckmann
,
H. P.
Kriegel
,
R.
Schneider
, and
B.
Seeger
,
Proceedings of the 1990 Acm Sigmod International Conference on Management Data
,
Atlantic City, New Jersey, USA
:
ACM
,
19
,
322
(
1990
).
[100]
K.
Wang
,
J. D.
Chodera
,
Y. Z.
Yang
, and
M. R.
Shirts
,
J. Comput. Aided Mol. Des.
27
,
989
(
2013
).
[101]
P.
Sfriso
,
M.
Duran-Frigola
,
R.
Mosca
,
A.
Emperador
,
P.
Aloy
, and
M.
Orozco
,
Structure
24
,
116
(
2016
).
[102]
R.
Galindo-Murillo
and
T. E.
Cheatham
,
Chemmed-chem
9
,
1252
(
2014
).
[103]
A.
Rodriguez
and
A.
Laio
,
Science
344
,
1492
(
2014
).
[104]
E. V.
Ruiz
,
Patt. Recognit. Lett.
4
,
145
(
1986
).
[105]
L.
Molgedey
and
H. G.
Schuster
,
Phys. Rev. Lett.
72
,
3634
(
1994
).
[106]
T.
Blaschke
,
P.
Berkes
, and
L.
Wiskott
,
Neural Comput.
18
,
2495
(
2006
).
[107]
Y.
Naritomi
and
S.
Fuchigami
,
J. Chem. Phys.
134
,
065101
(
2011
).
[108]
M. A.
Rohrdanz
,
W. W.
Zheng
, and
C.
Clementi
,
Annu. Rev. Phys. Chem.
64
,
295
(
2013
).
[109]
F.
Noé
and
C.
Clementi
,
Curr. Opin. Struct. Biol.
43
,
141
(
2017
).
[110]
F.
Noé
and
C.
Clementi
,
J. Chem. Theory Comput.
11
,
5002
(
2015
).
[111]
A. Y.
Ng
,
M. I.
Jordan
, and
Y.
Weiss
,
Proceedings of the 14th International Conference on Neural Information Processing Systems: Natural and Synthetic
,
Vancouver, British Columbia, Canada
:
MIT Press
,
849
(
2001
).
[112]
D.
Verma
and
M.
Meilǎ
, Ph.D Dissertion,
Washington
:
University of Washington
, (
2003
).
[113]
J. B.
Shi
and
J.
Malik
,
IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell.
22
,
888
(
2000
).
[114]
M.
Filippone
,
F.
Camastra
,
F.
Masulli
, and
S.
Rovetta
,
Pattern Recognit.
41
,
176
(
2008
).
[115]
P. K.
Chan
,
M.
Schlag
, and
J. Y.
Zien
,
Proceedings of the 1993 Symposium on Research on Integrated Systems
,
Seattle, Washington, USA
:
MIT Press
,
123
(
1993
).
[116]
D. L.
Davies
and
D. W.
Bouldin
,
IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell.
1
,
224
(
1979
).
[117]
T.
Caliński
and
J.
Harabasz
,
Commun. Stat.
3
,
1
(
1974
).
[118]
R. E.
Amaro
,
J.
Baudry
,
J.
Chodera
,
Ö.
Demir
,
J. A.
McCammon
,
Y. L.
Miao
,
J. C.
Smith
,
Biophys. J.
114
,
2271
(
2018
).
[119]
A. B.
Ward
,
A.
Sali
, and
I. A.
Wilson
,
Science
339
,
913
(
2013
).
[120]
X. H.
Huang
,
Y. A.
Yao
,
G. R.
Bowman
,
J.
Sun
,
L. J.
Guibas
,
G.
Carlsson
, and
V. S.
Pande
,
Pac. Symp. Biocomput.
2010
,
228
(
2010
).
[121]
L.
Martini
,
A.
Kells
,
R.
Covino
,
G.
Hummer
,
N. V.
Buchete
, and
E.
Rosta
,
Phys. Rev. X
7
,
031060
(
2017
).
This content is only available via PDF.
You do not currently have access to this content.