We have set up and manually curated a dataset containing experimental information on the impact of amino acid substitutions in a protein on its thermal stability. It consists of a repository of experimentally measured melting temperatures (Tm) and their changes upon point mutations (ΔTm) for proteins having a well-resolved x-ray structure. This high-quality dataset is designed for being used for the training or benchmarking of in silico thermal stability prediction methods. It also reports other experimentally measured thermodynamic quantities when available, i.e., the folding enthalpy (ΔH) and heat capacity (ΔCP) of the wild type proteins and their changes upon mutations (ΔΔH and ΔΔCP), as well as the change in folding free energy (ΔΔG) at a reference temperature. These data are analyzed in view of improving our insights into the correlation between thermal and thermodynamic stabilities, the asymmetry between the number of stabilizing and destabilizing mutations, and the difference in stabilization potential of thermostable versus mesostable proteins.

1.
P.
Spuergin
,
U.
Abele
, and
M.
Rooman
,
Eur. J. Biochem.
231
,
405
413
(
1995
).
2.
C.
Evrard
,
J.
Fastrez
, and
P.
Soumillion
,
FEBS Lett.
460
,
442
446
(
1999
).
3.
T.
Rose
,
P.
Glaser
,
W. K.
Surewicz
,
H. H.
Mantsch
,
J.
Reinstein
,
K.
Le Blay
,
A. M.
Gilles
, and
O.
Bârzu
,
J. Biol. Chem.
266
,
23654
23659
(
1991
).
4.
J.
Reinstein
,
A. M.
Gilles
,
T.
Rose
,
A.
Wittinghofer
,
I.
Saint Girons
,
O.
Bârzu
,
W. K.
Surewicz
, and
H. H.
Mantsch
,
J. Biol. Chem.
264
,
8107
8112
(
1989
).
5.
S.
D’Amico
,
C.
Gerday
, and
G.
Feller
,
J. Biol. Chem.
276
,
25791
25796
(
2001
).
6.
T.
Vogl
,
C.
Jatzke
,
H. J.
Hinz
, and
R.
Huber
,
Biochemistry
36
,
1657
1668
(
1997
).
7.
F.
Hannemann
,
A. K.
Bera
,
B.
Fischer
,
M.
Lisurek
,
K.
Teuchner
, and
R.
Bernhardt
,
Biochemistry
41
,
11008
11016
(
2002
).
8.
T. V.
Burova
,
V.
Beckert
,
O.
Ristau
,
H.
Uhlmann
,
R.
Bernhardt
, and
W.
Pfeil
,
Protein Sci.
5
,
1890
1897
(
1996
).
9.
J. L.
Bedell
,
S. P.
Edmondson
, and
J. W.
Shriver
,
Biochemistry
44
,
915
925
(
2005
).
10.
A. T.
Clark
,
B. S.
McCrary
,
S. P.
Edmondson
, and
J. W.
Shriver
,
Biochemistry
43
,
2840
2853
(
2004
).
11.
F.
Catanzano
,
G.
Graziano
,
P.
Fusi
, and
G.
Barone
,
Biochemistry
37
,
10493
10498
(
1998
).
12.
N. D.
Vu
,
H.
Feng
, and
Y.
Bai
,
Biochemistry
43
,
3346
3356
(
2004
).
13.
A.
Matouschek
,
J. M.
Matthews
,
C. M.
Johnson
, and
A. R.
Fersht
,
Protein Eng.
7
,
1089
1095
(
1994
).
14.
D. D.
Axe
,
N. W.
Foster
, and
A. R.
Fersht
,
J. Mol. Biol.
286
,
1471
1485
(
1999
).
15.
J. T.
Kellis
,
K.
Nyberg
, and
A. R.
Fersht
,
Biochemistry
28
,
4914
4922
(
1989
).
16.
R. J.
Pinker
,
L.
Lin
,
G. D.
Rose
, and
N. R.
Kallenbach
,
Protein Sci.
2
,
1099
1105
(
1993
).
17.
L.
Lin
,
R. J.
Pinker
, and
N. R.
Kallenbach
,
Biochemistry
32
,
12638
12643
(
1993
).
18.
D.
Perl
and
F. X.
Schmid
,
J. Mol. Biol.
313
,
343
357
(
2001
).
19.
M.
Wunderlich
and
F. X.
Schmid
,
Protein Eng.
19
,
355
358
(
2006
).
20.
M.
Wunderlich
,
A.
Martin
, and
F. X.
Schmid
,
J. Mol. Biol.
347
,
1063
1076
(
2005
).
21.
A. V.
Gribenko
and
G. I.
Makhatadze
,
J. Mol. Biol.
366
,
842
856
(
2007
).
22.
T.
Schindler
,
D.
Perl
,
P.
Graumann
,
V.
Sieber
,
M. A.
Marahiel
, and
F. X.
Schmid
,
Proteins
30
,
401
406
(
1998
).
23.
P.
Yao
,
Y.
Xie
,
Y. H.
Wang
,
Y. L.
Sun
,
Z. X.
Huang
,
G. T.
Xiao
, and
S. D.
Wang
,
Protein Eng.
10
,
575
581
(
1997
).
24.
Z. Q.
Wang
,
Y. H.
Wang
,
W. H.
Wang
,
L. L.
Xue
,
X. Z.
Wu
,
Y.
Xie
, and
Z. X.
Huang
,
Biophys. Chem.
83
,
3
17
(
2000
).
25.
L. L.
Xue
,
Y. H.
Wang
,
Y.
Xie
,
P.
Yao
,
W. H.
Wang
,
W.
Qian
,
Z. X.
Huang
,
J.
Wu
, and
Z. X.
Xia
,
Biochemistry
38
,
11961
11972
(
1999
).
26.
M.
Roberge
,
F.
Shareck
,
R.
Morosoli
,
D.
Kluepfel
, and
C.
Dupont
,
Protein Eng.
12
,
251
257
(
1999
).
27.
A.
Benito
,
M.
Bosch
,
G.
Torrent
,
M.
Ribó
, and
M.
Vilanova
,
Protein Eng.
15
,
887
893
(
2002
).
28.
A.
Tigerström
,
F.
Schwarz
,
G.
Karlsson
,
M.
Okvist
,
C.
Alvarez-Rua
,
D.
Maeder
,
F. T.
Robb
, and
L.
Sjölin
,
Biochemistry
43
,
12563
12574
(
2004
).
29.
A.
Cavallin
,
H.
Arozenius
,
K.
Kristensson
,
P.
Antonsson
,
D. E.
Otzen
,
P.
Björk
, and
G.
Forsberg
,
J. Biol. Chem.
275
,
1665
1672
(
2000
).
30.
J. H.
Carra
and
P. L.
Privalov
,
Biophys. Chem.
125
,
490
496
(
2007
).
31.
M. P.
Byrne
and
W. E.
Stites
,
Biochemistry
34
,
2034
2041
(
1995
).
32.
A. T.
Alexandrescu
,
A. P.
Hinck
, and
J. L.
Markley
,
Biochemistry
19
,
4516
4525
(
1990
).
33.
J.
Chen
,
Z.
Lu
,
J.
Sakon
, and
W. E.
Stites
,
J. Mol. Biol.
303
,
125
130
(
2000
).
34.
A.
Tanaka
,
J.
Flanagan
, and
J. M.
Sturtevant
,
Protein Sci.
2
,
567
576
(
1993
).
35.
M. P.
Byrne
and
W. E.
Stites
,
Protein Sci.
4
,
2545
2558
(
1995
).
36.
D. S.
Spencer
and
W. E.
Stites
,
J. Mol. Biol.
257
,
497
499
(
1996
).
37.
J. H.
Carra
,
E. A.
Anderson
, and
P. L.
Privalov
,
Protein Sci.
3
,
952
959
(
1994
).
38.
K. W.
Leung
,
Y. C.
Liaw
,
S. C.
Chan
,
H. Y.
Lo
,
F. N.
Musayev
,
J. Z.
Chen
,
H. J.
Fang
, and
H. M.
Chen
,
J. Biol. Chem.
276
,
46039
46045
(
2001
).
39.
M. R.
Eftink
,
C. A.
Ghiron
,
R. A.
Kautz
, and
R. O.
Fox
,
Biochemistry
30
,
1193
1199
(
1991
).
40.
S.
Hirano
,
H.
Kamikubo
,
Y.
Yamazaki
, and
M.
Kataoka
,
Proteins
58
,
271
277
(
2005
).
41.
A.
Koide
,
M. R.
Jordan
,
S. R.
Horner
,
V.
Batori
, and
S.
Koide
,
Biochemistry
40
,
10326
10333
(
2001
).
42.
M.
Moutiez
,
E.
Quéméneur
,
T. V.
Burova
, and
T.
Haertlé
,
Protein Sci.
8
,
106
112
(
1999
).
43.
H.
Morii
,
H.
Uedaira
,
K.
Ogata
,
S.
Ishii
, and
A.
Sarai
,
J. Mol. Biol.
292
,
909
920
(
1999
).
44.
C. F.
Lee
,
M. D.
Allen
,
M.
Bycroft
, and
K. B.
Wong
,
J. Mol. Biol.
348
,
419
431
(
2005
).
45.
C. F.
Lee
,
G. I.
Makhatadze
, and
K. B.
Wong
,
Biochemistry
44
,
16817
16825
(
2005
).
46.
M.
Sandgren
,
P. J.
Gualfetti
,
A.
Shaw
,
L. S.
Gross
,
M.
Saldajeno
,
A. G.
Day
,
T. A.
Jones
, and
C.
Mitchinson
,
Protein Sci.
12
,
848
860
(
2003
).
47.
M.
Sandgren
,
P. J.
Gualfetti
,
C.
Paech
,
S.
Paech
,
A.
Shaw
,
L. S.
Gross
,
M.
Saldajeno
,
G. I.
Berglund
,
T. A.
Jones
, and
C.
Mitchinson
,
Protein Sci.
12
,
2782
2793
(
2003
).
48.
L. H.
Greene
,
J. A.
Grobler
,
V. A.
Malinovskii
,
J.
Tian
,
K. R.
Acharya
, and
K.
Brew
,
Protein Eng.
12
,
581
587
(
1999
).
49.
A.
Vanhooren
,
A.
Chedad
,
V.
Farkas
,
Z.
Majer
,
M.
Joniau
,
H.
Van Dael
, and
I.
Hanssens
,
Proteins
60
,
118
130
(
2005
).
50.
T.
Oroguchi
,
M.
Ikeguchi
,
K.
Saeki
,
K.
Kamagata
,
Y.
Sawano
,
M.
Tanokura
,
A.
Kidera
, and
K.
Kuwajima
,
J. Mol. Biol.
354
,
164
172
(
2005
).
51.
A.
Merz
,
T.
Knöchel
,
J. N.
Jansonius
, and
K.
Kirschner
,
J. Mol. Biol.
288
,
753
763
(
1999
).
52.
R. N.
Venkataramani
,
T. K.
MacLachlan
,
X.
Chai
,
W. S.
El-Deiry
, and
R.
Marmorstein
,
J. Biol. Chem.
277
,
48827
48833
(
2002
).
53.
A.
Mukaiyama
,
M.
Haruki
,
M.
Ota
,
Y.
Koga
,
K.
Takano
, and
S.
Kanaya
,
Biochemistry
45
,
12673
12679
(
2006
).
54.
H.
Dong
,
A.
Mukaiyama
,
T.
Tadokoro
,
Y.
Koga
,
K.
Takano
, and
S.
Kanaya
,
J. Mol. Biol.
378
,
264
272
(
2008
).
55.
D.
LeMaster
and
G.
Hernandez
,
Biophys. Chem.
125
,
483
489
(
2007
).
56.
R. D.
Gray
and
J. O.
Trent
,
Biochemistry
44
,
2469
2477
(
2005
).
57.
G.
Nikolopoulos
,
S.
Pyrpassopoulos
,
A.
Thanassoulas
,
P.
Klimentzou
,
C.
Zikos
,
M.
Vlassi
,
C. E.
Vorgias
,
D.
Yannoukakos
, and
G.
Nounesis
,
Biochim. Biophys. Acta
1774
,
772
780
(
2007
).
58.
B. M.
Beadle
,
S. L.
Mcgovern
,
A.
Patera
, and
B. K.
Shoichet
,
Protein Sci.
8
,
1816
1824
(
1999
).
59.
K.
Mavromatis
,
G.
Feller
,
M.
Kokkinidis
, and
V.
Bouriotis
,
Protein Eng.
16
,
497
503
(
2003
).
60.
N. C.
Gassner
,
W. A.
Baase
,
J. D.
Lindstrom
,
J.
Lu
,
F. W.
Dahlquist
, and
B. W.
Matthews
,
Biochemistry
38
,
14451
14460
(
1999
).
61.
J.
Xu
,
W. A.
Baase
,
E.
Baldwin
, and
B. W.
Matthews
,
Protein Sci.
7
,
158
177
(
1998
).
62.
L. A.
Lipscomb
,
N. C.
Gassner
,
S. D.
Snow
,
A. M.
Eldridge
,
W. A.
Baase
,
D. L.
Drew
, and
B. W.
Matthews
,
Protein Sci.
7
,
765
773
(
1998
).
63.
A. E.
Eriksson
,
W. A.
Baase
, and
B. W.
Matthews
,
J. Mol. Biol.
229
,
747
769
(
1993
).
64.
J. W.
Wray
,
W. A.
Baase
,
J. D.
Lindstrom
,
L. H.
Weaver
,
A. R.
Poteete
, and
B. W.
Matthews
,
J. Mol. Biol.
292
,
1111
1120
(
1999
).
65.
M.
Blaber
,
W. A.
Baase
,
N.
Gassner
, and
B. W.
Matthews
,
J. Mol. Biol.
246
,
317
330
(
1999
).
66.
J.
Xu
,
W. A.
Baase
,
M. L.
Quillin
,
E.
Baldwin
, and
B. W.
Matthews
,
Protein Sci.
10
,
1067
1078
(
2001
).
67.
S.
Daopin
,
T.
Alber
,
W. A.
Baase
,
J. A.
Wozniak
, and
B. W.
Matthews
,
J. Mol. Biol.
221
,
647
667
(
1991
).
68.
B. H.
Mooers
,
D.
Datta
,
W. A.
Baase
,
E. S.
Zollars
,
S. L.
Mayo
, and
B. W.
Matthews
,
J. Mol. Biol.
332
,
741
756
(
2003
).
69.
M.
Blaber
,
J. D.
Lindstrom
,
N.
Gassner
,
J.
Xu
,
D. W.
Heinz
, and
B. W.
Matthews
,
Biochemistry
32
,
11363
11373
(
1993
).
70.
B. K.
Shoichet
,
W. A.
Baase
,
R.
Kuroki
, and
B. W.
Matthews
,
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
92
,
452
456
(
1995
).
71.
M.
Blaber
,
X. J.
Zhang
,
J. D.
Lindstrom
,
W. A.
Baase
,
S. D.
Pepiot
, and
B. W.
Matthews
,
J. Mol. Biol.
235
,
600
624
(
1994
).
72.
P.
Pjura
,
M.
Matsumura
,
W. A.
Baase
, and
B. W.
Matthews
,
Protein Sci.
2
,
2217
2225
(
1993
).
73.
M. M.
He
,
A. Z.
Wood
,
W. A.
Baase
,
H.
Xiao
, and
B. W.
Matthews
,
Protein Sci.
13
,
2716
2724
(
2004
).
74.
D. E.
Anderson
,
W. J.
Becktel
, and
F. W.
Dahlquist
,
Biochemistry
29
,
2403
2408
(
1990
).
75.
H.
Nicholson
,
D. E.
Anderson
,
S.
Dao Pin
, and
B. W.
Matthews
,
Biochemistry
30
,
9816
9828
(
1991
).
76.
J. A.
Bell
,
W. J.
Becktel
,
U.
Sauer
,
W. A.
Baase
, and
B. W.
Matthews
,
Biochemistry
31
,
3590
3596
(
1992
).
77.
D. W.
Heinz
,
W. A.
Baase
, and
B. W.
Matthews
,
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
89
,
3751
3755
(
1992
).
78.
J.
Lu
,
W. A.
Baase
,
D. C.
Muchmore
, and
F. W.
Dahlquist
,
Biochemistry
31
,
7765
7772
(
1992
).
79.
U. H.
Sauer
,
D. P.
San
, and
B. W.
Matthews
,
J. Biol. Chem.
267
,
2393
2399
(
1992
).
80.
R.
Liu
,
W. A.
Baase
, and
B. W.
Matthews
,
J. Mol. Biol.
295
,
127
145
(
2000
).
81.
J. H.
Hurley
,
W. A.
Baase
, and
B. W.
Matthews
,
J. Mol. Biol.
224
,
1143
1159
(
1992
).
82.
D. E.
Anderson
,
J. H.
Hurley
,
H.
Nicholson
,
W. A.
Baase
, and
B. W.
Matthews
,
Protein Sci.
2
,
1285
1290
(
1993
).
83.
A. E.
Eriksson
,
W. A.
Baase
,
X. J.
Zhang
,
D. W.
Heinz
,
M.
Blaber
,
E. P.
Baldwin
, and
B. W.
Matthews
,
Science
255
,
178
183
(
1992
).
84.
S.
Daopin
,
D. E.
Anderson
,
W. A.
Baase
,
F. W.
Dahlquist
, and
B. W.
Matthews
,
Biochemistry
30
,
11521
11529
(
1991
).
85.
N. C.
Gassner
,
W. A.
Baase
, and
B. W.
Matthews
,
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
93
,
12155
12158
(
1996
).
86.
K.
Takano
,
Y.
Yamagata
, and
K.
Yutani
,
J. Mol. Biol.
280
,
749
761
(
1998
).
87.
K.
Takano
,
Y.
Yamagata
, and
K.
Yutani
,
Protein Eng.
16
,
5
9
(
1998
).
88.
K.
Takano
,
J. M.
Scholtz
,
J. C.
Sacchettini
, and
C. N.
Pace
,
J. Biol. Chem.
278
,
31790
31795
(
2003
).
89.
G. A.
Grimsley
,
K. L.
Shaw
,
L. R.
Fee
,
R. W.
Alston
,
B.
Huyghues-Despointes
,
R. L.
Thurlkill
,
J. M.
Scholtz
, and
C. N.
Pace
,
Protein Sci.
8
,
1843
1849
(
1999
).
90.
S. R.
Trevino
,
K.
Gokulan
,
S.
Newsom
,
R. L.
Thurlkill
,
K. L.
Shaw
,
V. A.
Mitkevich
,
A. A.
Makarov
,
J. C.
Sacchettini
,
J. M.
Scholtz
, and
C. N.
Pace
,
J. Mol. Biol.
354
,
967
978
(
2005
).
91.
G. I.
Yakovlev
,
V. A.
Mitkevich
,
K. L.
Shaw
,
S.
Trevino
,
S.
Newsom
,
N.
Pace
, and
A. A.
Makarov
,
Protein Sci.
12
,
2367
2373
(
2003
).
92.
E. J.
Hebert
,
A.
Giletto
,
J.
Sevcik
,
L.
Urbanikova
,
K. S.
Wilson
,
Z.
Dauter
, and
C. N.
Pace
,
Biochemistry
37
,
16192
16200
(
1998
).
93.
K.
Takano
,
K.
Tsuchimori
,
Y.
Yamagata
, and
K.
Yutani
,
Eur. J. Biochem.
266
,
675
682
(
1999
).
94.
J.
Funahashi
,
K.
Takano
,
Y.
Yamagata
, and
K.
Yutani
,
J. Biol. Chem.
277
,
21792
21800
(
2002
).
95.
J.
Funahashi
,
K.
Takano
,
Y.
Yamagata
, and
K.
Yutani
,
Biochemistry
39
,
14448
14456
(
2000
).
96.
K.
Takano
,
Y.
Yamagata
,
S.
Fujii
, and
K.
Yutani
,
Biochemistry
36
,
688
698
(
1997
).
97.
K.
Takano
,
K.
Tsuchimori
,
Y.
Yamagata
, and
K.
Yutani
,
Biochemistry
39
,
12375
12381
(
2000
).
98.
K.
Takano
,
Y.
Yamagata
, and
K.
Yutani
,
Biochemistry
40
,
4853
4858
(
2001
).
99.
K.
Takano
,
Y.
Yamagata
, and
K.
Yutani
,
Proteins
45
,
274
280
(
2001
).
100.
Y.
Yamagata
,
M.
Kubota
,
Y.
Sumikawa
,
J.
Funahashi
,
K.
Takano
,
S.
Fujii
, and
K.
Yutani
,
Biochemistry
37
,
9355
9362
(
1998
).
101.
K.
Takano
,
Y.
Yamagata
, and
K.
Yutani
,
Proteins
44
,
233
243
(
2001
).
102.
K.
Takano
,
Y.
Yamagata
,
M.
Kubota
,
J.
Funahashi
,
S.
Fujii
, and
K.
Yutani
,
Biochemistry
38
,
6623
6629
(
1999
).
103.
K.
Takano
,
Y.
Yamagata
, and
K.
Yutani
,
Biochemistry
39
,
8655
8665
(
2000
).
104.
K.
Takano
,
Y.
Yamagata
,
J.
Funahashi
,
Y.
Hioki
,
S.
Kuramitsu
, and
K.
Yutani
,
Biochemistry
38
,
12698
12708
(
1999
).
105.
K.
Takano
,
J.
Funahashi
,
Y.
Yamagata
,
S.
Fujii
, and
K.
Yutani
,
J. Mol. Biol.
274
,
132
142
(
1997
).
106.
K.
Takano
,
M.
Ota
,
K.
Ogasahara
,
Y.
Yamagata
,
K.
Nishikawa
, and
K.
Yutani
,
Protein Eng.
12
,
663
672
(
1999
).
107.
T.
Herning
,
K.
Yutani
,
K.
Inaka
,
R.
Kuroki
,
M.
Matsushima
, and
M.
Kikuchi
,
Biochemistry
31
,
7077
7085
(
1992
).
108.
J.
Funahashi
,
K.
Takano
,
Y.
Yamagata
, and
K.
Yutani
,
Protein Eng.
12
,
841
850
(
1999
).
109.
M. D.
Vu
,
K. L.
Reid
,
H. M.
Rodriguez
, and
L. M.
Gregoret
,
Protein Sci.
10
,
2028
2036
(
2001
).
110.
E.
Notomista
,
F.
Catanzano
,
G.
Graziano
,
F.
Dal Piaz
,
G.
Barone
,
G.
D’Alessio
, and
A.
Di Donato
,
Biochemistry
39
,
8711
8718
(
2000
).
111.
U.
Arnold
,
C.
Schulenburg
,
D.
Schmidt
, and
R.
Ulbrich-Hofmann
,
Biochemistry
45
,
3580
3587
(
2006
).
112.
E. J.
Choi
and
S. L.
Mayo
,
Protein Eng., Des. Sel.
19
,
285
289
(
2006
).
113.
J. S.
Merkel
,
J. S.
Sturtevant
, and
L.
Regan
,
Structure
19
,
1333
1343
(
1999
).
114.
E. M.
Nicholson
,
R. W.
Peterson
, and
J. M.
Scholtz
,
J. Mol. Biol.
321
,
355
362
(
2002
).
115.
L. D.
Cabrita
,
J. C.
Whisstock
, and
S. P.
Bottomley
,
Biochemistry
41
,
4575
4581
(
2002
).
116.
J. D.
Tew
and
S. P.
Bottomley
,
J. Mol. Biol.
313
,
1161
1169
(
2001
).
117.
D.
Gilis
,
H. R.
McLennan
,
Y.
Dehouck
,
L. D.
Cabrita
,
M.
Rooman
, and
S. P.
Bottomley
,
J. Mol. Biol.
325
,
581
589
(
2003
).
118.
L. H.
Greene
,
E. D.
Chrysina
,
L. I.
Irons
,
A. C.
Papageorgiou
,
R.
Acharya
, and
K.
Brew
,
Protein Sci.
10
,
2301
2316
(
2001
).
119.
S.
De Vos
,
J.
Backmann
,
M.
Prévost
,
J.
Steyaert
, and
R.
Loris
,
Biochemistry
40
,
10140
10149
(
2001
).
120.
W. D.
Schubert
,
G.
Schluckebier
,
J.
Backmann
,
J.
Granzin
,
C.
Kisker
,
H. W.
Choe
,
U.
Hahn
,
W.
Pfeil
, and
W.
Saenger
,
Eur. J. Biochem.
220
,
527
534
(
1994
).
121.
A.
Giletto
and
C. N.
Pace
,
Biochemistry
38
,
13379
13384
(
1999
).
122.
B. A.
Shirley
,
P.
Stanssens
,
J.
Steyaert
, and
C. N.
Pace
,
J. Biol. Chem.
264
,
11621
11625
(
1989
).
123.
S.
Agah
,
J. D.
Larson
, and
M. T.
Henzl
,
Biochemistry
42
,
10886
10895
(
2003
).
124.
A.
Navon
,
V.
Ittah
,
H. A.
Scheraga
,
E.
Haas
, and
E. E.
Gussakovsky
,
Biochemistry
40
,
93
104
(
2001
).
125.
G.
Gotte
,
M.
Donadelli
,
D. V.
Laurents
,
F.
Vottariello
,
M.
Morbio
, and
M.
Libonati
,
Biochemistry
45
,
10795
10806
(
2006
).
126.
E.
Chatani
,
K.
Nonomura
,
R.
Hayashi
,
C.
Balny
, and
R.
Lange
,
Biochemistry
41
,
4567
4574
(
2002
).
127.
T.
Kadonosono
,
E.
Chatani
,
R.
Hayashi
,
H.
Moriyama
, and
T.
Ueki
,
Biochemistry
42
,
10651
10658
(
2003
).
128.
R. W.
Dodge
and
H. A.
Scheraga
,
Biochemistry
35
,
1548
1559
(
1996
).
129.
J.
Font
,
A.
Benito
,
J.
Torrent
,
R.
Lange
,
M.
Ribo
, and
M.
Vilanova
,
Biol. Chem.
387
,
285
296
(
2006
).
130.
F.
Catanzano
,
G.
Barone
,
G.
Graziano
, and
S.
Capasso
,
Protein Sci.
6
,
1682
1693
(
1997
).
131.
R. J.
Johnson
,
S. R.
Lin
, and
R. T.
Raines
,
Protein Sci.
16
,
1609
1616
(
2007
).
132.
E. S.
Eberhardt
,
P. K.
Wittmayer
,
B. M.
Templer
, and
R. T.
Raines
,
Protein Sci.
5
,
1697
1703
(
1996
).
133.
D. A.
Schultz
and
R. L.
Baldwin
,
Protein Sci.
1
,
910
916
(
1992
).
134.
T. A.
Klink
and
R. T.
Raines
,
J. Biol. Chem.
275
,
17463
17467
(
2000
).
135.
L. W.
Schultz
,
S. R.
Hargraves
,
T. A.
Klink
, and
R. T.
Raines
,
Protein Sci.
7
,
1620
1625
(
1998
).
136.
A. A.
Di Nardo
,
S. M.
Larson
, and
A. R.
Davison
,
J. Mol. Biol.
333
,
641
655
(
2003
).
137.
K. L.
Maxwell
and
A. R.
Davison
,
Biochemistry
37
,
16172
16182
(
1998
).
138.
E. S.
Cobos
,
V. V.
Filimonov
,
M. C.
Vega
,
P. L.
Mateo
,
L.
Serrano
, and
J. C.
Martinez
,
J. Mol. Biol.
328
,
221
233
(
2003
).
139.
L.
Varela
,
B.
Morel
,
A. I.
Azuaga
, and
F.
Conejero-Lara
,
FEBS Lett.
583
,
801
806
(
2009
).
140.
M. W.
Pantoliano
,
R. C.
Ladner
,
P. N.
Bryan
,
M. L.
Rollence
,
J. F.
Wood
, and
T. L.
Poulos
,
Biochemistry
26
,
2077
2082
(
1987
).
141.
M. W.
Pantoliano
,
M.
Whitlow
,
J. F.
Wood
,
S. W.
Dodd
,
K. D.
Hardman
,
M. L.
Rollence
, and
P. N.
Bryan
,
Biochemistry
28
,
7205
7213
(
1989
).
142.
P. N.
Bryan
,
M. L.
Rollence
,
M. W.
Pantoliano
,
J. F.
Wood
,
B. C.
Finzel
,
G. G.
Gilliland
,
A. J.
Howard
, and
T. L.
Poulos
,
Proteins
1
,
326
334
(
1986
).
143.
N.
Zhang
,
W. C.
Suen
,
W.
Windsor
,
L.
Xiao
,
V.
Madison
, and
A.
Zaks
,
Protein Eng.
1
,
599
605
(
2003
).
144.
R. F.
Kelley
and
S.
Cleary
,
Biochemistry
28
,
4047
4054
(
1989
).
145.
S. A.
Ahmed
,
H.
Kawasaki
,
R.
Bauerle
,
H.
Morita
, and
E. W.
Miles
,
Biochem. Biophys. Res. Commun.
151
,
672
678
(
1988
).
146.
W. K.
Lim
,
C.
Brouillette
, and
J. K.
Hardman
,
Arch. Biochem. Biophys.
292
,
34
41
(
1992
).
147.
K.
Hiraga
and
K.
Yutani
,
Protein Eng.
9
,
425
431
(
1996
).
148.
K.
Hiraga
and
K.
Yutani
,
Eur. J. Biochem.
240
,
63
70
(
1996
).
149.
K.
Yutani
,
S.
Hayashi
,
Y.
Sugisaki
, and
K.
Ogasahara
,
Proteins
9
,
90
98
(
1991
).
150.
C. R.
Matthews
,
M. M.
Crisanti
,
G. L.
Gepner
,
G.
Velicelebi
, and
J. M.
Sturtevant
,
Biochemistry
19
,
1290
1293
(
1980
).
151.
J. L.
Marmorino
and
G. J.
Pielak
,
Biochemistry
34
,
3140
3143
(
1995
).
152.
G. J.
Pielak
,
D. S.
Auld
,
J. R.
Beasley
,
S. F.
Betz
,
D. S.
Cohen
,
D. F.
Doyle
,
S. A.
Finger
,
Z. L.
Fredericks
,
S.
Hilgen-Willis
,
A. J.
Saunders
, and
S. J.
Trojak
,
Biochemistry
34
,
3268
3276
(
1995
).
153.
S. F.
Betz
and
G. J.
Pielak
,
Biochemistry
31
,
12337
12344
(
1992
).
154.
D. R.
Hickey
,
A. M.
Berghuis
,
G.
Lafond
,
J. A.
Jaeger
,
T. S.
Cardillo
,
D.
McLendon
,
G.
Das
,
F.
Sherman
,
G. D.
Brayer
, and
G.
McLendon
,
J. Biol. Chem.
266
,
11686
11694
(
1991
).
155.
L. M.
Hermann
and
B. E.
Bowler
,
Protein Sci.
6
,
657
665
(
1997
).
156.
J. S.
Fetrow
,
J. S.
Spitzer
,
B. M.
Gilden
,
S. J.
Mellender
,
T. J.
Begley
,
B. J.
Haas
, and
T. L.
Boose
,
Biochemistry
37
,
2477
2487
(
1998
).
157.
J. S.
Liggins
,
T. P.
Lo
,
G. D.
Brayer
, and
B. T.
Nall
,
Protein Sci.
8
,
2645
2654
(
1999
).
158.
C. M.
Lett
,
M. D.
Rosu-Myles
,
H. E.
Frey
, and
J. G.
Guillemette
,
Biochim. Biophys. Acta
1432
,
40
48
(
1999
).
159.
L. I.
Linske-O’Connell
,
F.
Sherman
, and
G.
McLendon
,
Biochemistry
34
,
7094
7102
(
1995
).
160.
W. A.
McGee
,
F. I.
Rosell
,
J. R.
Liggins
,
S.
Rodriguez-Ghidarpour
,
Y.
Luo
,
J.
Chen
,
G. D.
Brayer
,
A. G.
Mauk
, and
B. T.
Nall
,
Biochemistry
35
,
1995
2007
(
1996
).
161.
Y.
Tang
,
M. J.
Grey
,
J.
McKnight
,
A. G.
Palmer
, and
D. P.
Raleigh
,
J. Mol. Biol.
355
,
1066
1077
(
2006
).
162.
B. S.
Frank
,
D.
Vardar
,
D. A.
Buckley
, and
J.
McKnight
,
Protein Sci.
11
,
680
687
(
2002
).
163.
J.
Kubelka
,
W. A.
Eaton
, and
J.
Hofrichter
,
J. Mol. Biol.
329
,
625
630
(
2003
).
164.
A.
Ginsburg
,
R. H.
Szczepanowski
,
S. B.
Ruvinov
,
N. J.
Nosworthy
,
M.
Sondej
,
T. C.
Umland
, and
A.
Peterkofsky
,
Protein Sci.
9
,
1085
1094
(
2000
).
165.
M.
Tanaka
,
P.
Dhanasekaran
,
D.
Nguyen
,
S.
Ohta
,
S.
Lund-Katz
,
M. C.
Phillips
, and
H.
Saito
,
Biochemistry
45
,
10351
10358
(
2006
).
166.
I. N.
Gorshkova
,
T.
Liu
,
V. I.
Zannis
, and
D.
Atkinson
,
Biochemistry
41
,
10529
10539
(
2002
).
167.
J.
Ruiz-Sanz
,
G.
de Prat Gay
,
D. E.
Otzen
, and
A. R.
Fersht
,
Biochemistry
34
,
1695
1701
(
1995
).
168.
S. E.
Jackson
,
M.
Moracci
,
N. F.
elMasry
,
C. M.
Johnson
, and
A. R.
Fersht
,
Biochemistry
32
,
11259
11269
(
1993
).
169.
G.
de Prat Gay
,
C. M.
Johnson
, and
A. R.
Fersht
,
Protein Eng.
7
,
103
108
(
1994
).
170.
N. F.
elMasry
and
A. R.
Fersht
,
Protein Eng.
7
,
777
782
(
1994
).
171.
S. K.
Manna
and
S.
Mazumdar
,
Biochemistry
45
,
12715
12722
(
2006
).
172.
A.
Dolla
,
A. P.
Arnoux
,
I.
Protasevich
,
V.
Lobachov
,
M.
Brugna
,
M. T.
Giudici-Orticoni
,
R.
Haser
,
M.
Czjzek
,
A.
Makarov
, and
M.
Bruschi
,
Biochemistry
38
,
33
41
(
1999
).
173.
J. H.
Cho
,
S.
Satoshi
, and
D. P.
Raleigh
,
J. Mol. Biol.
338
,
827
837
(
2004
).
174.
D. L.
Luisi
,
C. D.
Snow
,
J. J.
Lin
,
Z. S.
Hendsch
,
B.
Tidor
, and
D. P.
Raleigh
,
Biochemistry
42
,
7050
7060
(
2003
).
175.
S. G.
Iwagami
,
A. L.
Creagh
,
C. A.
Haynes
,
M.
Borsari
,
I. C.
Felli
,
M.
Piccioli
, and
L. D.
Eltis
,
Protein Sci.
4
,
2562
2572
(
1995
).
176.
M.
Matsumara
,
W. J.
Becktel
, and
B. W.
Matthews
,
Nature
334
,
406
410
(
1988
).
177.
J. E.
Ladbury
,
C. Q.
Hu
, and
J. M.
Sturtevant
,
Biochemistry
31
,
10699
10702
(
1992
).
178.
W. J.
Becktel
and
J. A.
Schellman
,
Biopolymers
26
,
1859
1877
(
1987
).
179.
S.
Dao-pin
,
E.
Söderlind
,
W. A.
Baase
,
J. A.
Wozniak
,
U.
Sauer
, and
B. W.
Matthews
,
J. Mol. Biol.
221
,
873
887
(
1991
).
180.
A. R.
Poteete
,
D. P.
Sun
,
H.
Nicholson
, and
B. W.
Matthews
,
Biochemistry
30
,
1425
1432
(
1991
).
181.
B. L.
Chen
,
W. A.
Baase
,
H.
Nicholson
, and
B. W.
Matthews
,
Biochemistry
31
,
1464
1476
(
1992
).
182.
X.
Zhang
,
W. A.
Baase
, and
B. W.
Matthews
,
Biophys. Chem.
101
,
43
56
(
2002
).
183.
X. J.
Zhang
,
W. A.
Baase
,
B. K.
Shoichet
,
K. P.
Wilson
, and
B. W.
Matthews
,
Protein Eng.
8
,
1017
1022
(
1995
).
184.
R.
Wetzel
,
L. J.
Perry
,
W. A.
Baase
, and
B. W.
Matthews
,
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
85
,
401
405
(
1988
).
185.
H.
Nicholson
,
E.
Söderlind
,
D. E.
Tronrud
, and
B. W.
Matthews
,
J. Mol. Biol.
210
,
181
193
(
1989
).
186.
D. P.
Sun
,
U.
Sauer
,
H.
Nicholson
, and
B. W.
Matthews
,
Biochemistry
30
,
7142
7153
(
1991
).
187.
H.
Nicholson
,
D. E.
Tronrud
,
W. J.
Becktel
, and
B. W.
Matthews
,
Biopolymers
32
,
1431
1441
(
1992
).
188.
T.
Alber
and
B. W.
Matthews
,
Methods Enzymol.
154
,
511
533
(
1992
).
189.
V. W.
Cornish
,
M. I.
Kaplan
,
D. L.
Veenstra
,
P. A.
Kollman
, and
P. G.
Schultz
,
Biochemistry
33
,
12022
12031
(
1994
).
190.
T.
Alber
,
J. A.
Bell
,
D. P.
Sun
,
H.
Nicholson
,
J. A.
Wozniak
,
S.
Cook
, and
B. W.
Matthews
,
Science
239
,
631
635
(
1988
).
191.
R.
Hawkes
,
M. G.
Grutter
, and
J.
Schellman
,
J. Mol. Biol.
175
,
195
212
(
1984
).
192.
P.
Pjura
,
L. P.
McIntosh
,
J. A.
Wozniak
, and
B. W.
Matthews
,
Proteins
15
,
401
412
(
1993
).
193.
S.
Dao-Pin
,
W. A.
Baase
, and
B. W.
Matthews
,
Proteins: Struct., Funct., Genet.
7
,
198
204
(
1990
).
194.
X.
Zhang
,
W. A.
Baase
, and
B. W.
Matthews
,
Protein Sci.
1
,
761
776
(
1992
).
195.
M.
Karpusas
,
W. A.
Baase
,
M.
Matsumura
, and
B. W.
Matthews
,
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
86
,
8237
8241
(
1989
).
196.
M. L.
Elwell
and
J. A.
Schellman
,
Biochim. Biophys. Acta
494
,
367
383
(
1977
).
197.
T.
Alber
,
D. P.
Sun
,
K.
Wilson
,
J. A.
Wozniak
,
S. P.
Cook
, and
B. W.
Matthews
,
Nature
330
,
41
46
(
1987
).
198.
S.
Kanaya
,
M.
Oobatake
, and
Y.
Liu
,
J. Biol. Chem.
27
,
32729
32736
(
1996
).
199.
A.
Akasako
,
M.
Haruki
,
M.
Oobatake
, and
S.
Kanaya
,
Biochemistry
34
,
8115
8122
(
1995
).
200.
M.
Haruki
,
E.
Noguchi
,
A.
Akasako
,
M.
Oobatake
,
M.
Itaya
, and
S.
Kanaya
,
J. Biol. Chem.
269
,
26904
26911
(
1994
).
201.
A.
Akasako
,
M.
Haruki
,
M.
Oobatake
, and
S.
Kanaya
,
J. Biol. Chem.
272
,
18686
18693
(
1997
).
202.
S.
Kimura
,
Y.
Oda
,
T.
Nakai
,
K.
Katayanagi
,
E.
Kitakuni
,
C.
Nakai
,
H.
Nakamura
,
M.
Ikehara
, and
S.
Kanaya
,
Eur. J. Biochem.
206
,
337
343
(
1992
).
203.
S.
Kimura
,
H.
Nakamura
,
T.
Hashimoto
,
M.
Oobatake
, and
S.
Kanaya
,
J. Biol. Chem.
267
,
21535
21542
(
1992
).
204.
S.
Kimura
,
S.
Kanaya
, and
H.
Nakamura
,
J. Biol. Chem.
267
,
22014
22017
(
1992
).
205.
S.
Kanaya
,
M.
Oobatake
,
H.
Nakamura
, and
M.
Ikehara
,
J. Biotechnol.
28
,
117
136
(
1993
).
206.
K.
Ishikawa
,
H.
Nakamura
,
K.
Morikawa
, and
S.
Kanaya
,
Biochemistry
32
,
6171
6178
(
1993
).
207.
M.
Haruki
,
E.
Noguchi
,
C.
Nakai
,
Y. Y.
Liu
,
M.
Oobatake
,
M.
Itaya
, and
S.
Kanaya
,
Eur. J. Biochem.
220
,
623
631
(
1994
).
208.
K.
Ishikawa
,
H.
Nakamura
,
K.
Morikawa
,
S.
Kimura
, and
S.
Kanaya
,
Biochemistry
32
,
7136
7142
(
1993
).
209.
D. N.
Bolon
and
S. L.
Mayo
,
Biochemistry
40
,
10047
10053
(
2001
).
210.
A.
Chakrabarti
,
S.
Srivastava
,
C. P.
Swaminathan
,
A.
Surolia
, and
R.
Varadarajan
,
Protein Sci.
8
,
2455
2459
(
1999
).
211.
J. E.
Ladbury
,
R.
Wynn
,
J. A.
Thomson
, and
J. M.
Sturtevant
,
Biochemistry
34
,
2148
2152
(
1995
).
212.
R. S.
Prajapati
,
G. M.
Lingaraju
,
K.
Bacchawat
,
A.
Surolia
, and
R.
Varadarajan
,
Proteins
53
,
863
871
(
2003
).
213.
A. B.
Witarto
and
K.
Sode
,
Protein Eng.
14
,
891
896
(
2001
).
214.
Y. T.
Takahashi
,
H.
Sasaki
,
S. J.
Takayama
,
S.
Mikami
,
S.
Kawano
,
H.
Mita
,
Y.
Sambongi
, and
Y.
Yamamoto
,
Biochemistry
45
,
11005
11011
(
2006
).
215.
J.
Hasegawa
,
H.
Shimahara
,
M.
Mizutani
,
S.
Uchiyama
,
H.
Arai
,
M.
Ishii
,
Y.
Kobayashi
,
S. J.
Ferguson
,
Y.
Sambongi
, and
Y.
Igarashi
,
J. Biol. Chem.
274
,
37533
37537
(
1999
).
216.
S.
Uchiyama
,
J.
Hasegawa
,
Y.
Tanimoto
,
H.
Moriguchi
,
M.
Mizutani
,
Y.
Igarashi
,
Y.
Sambongi
, and
Y.
Kobayashi
,
Protein Eng.
15
,
455
462
(
2002
).
217.
J.
Santos
,
V. A.
Risso
,
M. P.
Sica
, and
M. R.
Ermácora
,
Biophys. J.
93
,
1707
1718
(
2007
).
218.
L. M.
Ellerby
,
W. A.
Escobar
,
A. L.
Fink
,
C.
Mitchinson
, and
J. A.
Wells
,
Biochemistry
29
,
5797
5806
(
1990
).
219.
P.
Shi
and
J. F.
Kirsch
,
Protein Sci.
4
,
2063
2072
(
1995
).
220.
T.
Ohmura
,
T.
Ueda
,
K.
Ootsuka
,
M.
Saito
, and
T.
Imoto
,
Protein Sci.
10
,
313
320
(
2001
).
221.
P.
Shih
,
D. R.
Holland
, and
J. F.
Kirsch
,
Protein Sci.
4
,
2050
2062
(
1995
).
222.
K.
Masumoto
,
T.
Ueda
,
H.
Motoshima
, and
T.
Imoto
,
Protein Eng.
13
,
691
695
(
2000
).
223.
J. E.
Villafranca
,
E. E.
Howell
,
S. J.
Oatley
,
N. H.
Xuong
, and
J.
Kraut
,
Biochemistry
26
,
2182
2189
(
1987
).
224.
K.
Gekko
,
Y.
Kunori
,
H.
Takeuchi
,
S.
Ichihara
, and
M.
Kodama
,
J. Biochem.
116
,
34
41
(
1994
).
225.
M. J.
Castro
and
S.
Anderson
,
Biochemistry
35
,
11435
11446
(
1996
).
226.
K. S.
Kim
,
F.
Tao
,
J.
Fuchs
,
A. T.
Danishefsky
,
D.
Housset
,
A.
Wlodawer
, and
C.
Woodward
,
Protein Sci.
2
,
588
596
(
1993
).
227.
K. D.
Berndt
,
J.
Beunink
,
W.
Schröeder
, and
K.
Wüethrich
,
Biochemistry
32
,
4564
4570
(
1993
).
228.
D.
Krowarsch
and
J.
Otlewski
,
Protein Sci.
10
,
715
724
(
2001
).
229.
S.
Roy
,
M.
Fortin
,
J.
Gagnon
,
M. G.
Ghinet
,
J. G.
Lehoux
,
G.
Dupuis
, and
R.
Brzezinski
,
Biochim. Biophys. Acta
1774
,
975
984
(
2007
).
230.
Y.
Honda
,
T.
Fukamizo
,
T.
Okajima
,
S.
Goto
,
I.
Boucher
, and
R.
Brzezinski
,
Biochim. Biophys. Acta
1429
,
365
376
(
1999
).
231.
H.
Xie
,
J.
Flint
,
M.
Vardakou
,
J. H.
Lakey
,
R. J.
Lewis
,
H. J.
Gilbert
, and
C.
Dumon
,
J. Mol. Biol.
360
,
157
167
(
2006
).
232.
D. W.
Heinz
,
W. A.
Baase
,
X. J.
Zhang
,
M.
Blaber
,
F. W.
Dahlquist
, and
B. W.
Matthews
,
J. Mol. Biol.
236
,
869
886
(
1994
).
233.
J.
Guo
,
L. Y.
Luk
,
E. J.
Loveridge
, and
R. K.
Allemann
,
Biochemistry
53
,
2855
2863
(
2014
).
234.
C.
Decroos
,
C. M.
Bowman
,
J. A.
Moser
,
K. E.
Christianson
,
M. A.
Deardorff
, and
D. W.
Christianson
,
ACS Chem. Biol.
9
,
2157
2164
(
2014
).
235.
R. K.
Behera
,
H.
Nakajima
,
J.
Rajbongshi
,
Y.
Watanabe
, and
S.
Mazumdar
,
Biochemistry
52
,
1373
1384
(
2013
).
236.
D.
Lan
,
Q.
Wang
,
J.
Xu
,
P.
Zhou
,
B.
Yang
, and
Y.
Wang
,
Int. J. Mol. Sci.
16
,
7273
7288
(
2015
).
237.
T.
Shen
,
Z.
Guo
, and
C.
Ji
,
Acta Crystallogr., Sect. F: Struct. Biol. Commun.
70
,
697
702
(
2014
).
238.
S.
Torpenholt
,
L.
De Maria
,
M. H.
Olsson
,
L. H.
Christensen
,
M.
Skjøt
,
P.
Westh
,
J. H.
Jensen
, and
L.
Lo Leggio
,
Comput. Struct. Biotechnol. J.
13
,
256
264
(
2015
).
239.
F.
Bian
,
S.
Yue
,
Z.
Peng
,
X.
Zhang
,
G.
Chen
,
J.
Yu
,
N.
Xuan
, and
Y.
Bi
,
PLoS One
10
,
e0121108
(
2015
).
240.
C. D.
Boone
,
V.
Rasi
,
C.
Tu
, and
R.
McKenna
,
FEBS J.
282
,
1445
1457
(
2015
).
241.
J. L.
Porter
,
C. A.
Collyer
, and
D. L.
Ollis
,
Protein J.
34
,
82
89
(
2015
).
242.
B. P.
Roland
,
C. G.
Amrich
,
C. J.
Kammerer
,
K. A.
Stuchul
,
S. B.
Larsen
,
S.
Rode
,
A. A.
Aslam
,
A.
Heroux
,
R.
Wetzel
,
A. P.
VanDemark
, and
M. J.
Palladino
,
Biochim. Biophys. Acta
1852
,
61
69
(
2015
).
243.
S.
Verma
,
R. K.
Mehta
,
P.
Maiti
,
K. H.
Röhm
, and
A.
Sonawane
,
Biochim. Biophys. Acta
1844
,
1219
1230
(
2014
).
244.
B. A.
Dow
,
N.
Sukumar
,
J. O.
Matos
,
M.
Choi
,
A.
Schulte
,
S. A.
Tatulian
, and
V. L.
Davidson
,
Arch. Biochem. Biophys.
550
,
20
27
(
2014
).
245.
J.
Tian
,
J. C.
Woodard
, and
E. I.
Shakhnovich
,
PLoS Comput. Biol.
11
,
e1004207
(
2015
).
246.
R. J.
Floor
,
H. J.
Wijma
,
D. I.
Colpa
,
A.
Ramos-Silva
,
P. A.
Jekel
,
W.
Szymański
,
B. L.
Feringa
,
S. J.
Marrink
, and
D. B.
Janssen
,
ChemBioChem
15
,
1660
1672
(
2014
).
247.
D.
Daudé
,
C. M.
Topham
,
M.
Remaud-Siméon
, and
I.
André
,
Protein Sci.
22
,
1754
1765
(
2013
).
248.
P. F.
Predki
,
V.
Agrawal
,
A. T.
Brünger
, and
L.
Regan
,
Nat. Struct. Biol.
3
,
54
58
(
1996
).
249.
H.
Cha
,
S.
Jang Do
,
Y. G.
Kim
,
B. H.
Hong
,
J. S.
Woo
,
K. T.
Kim
, and
K. Y.
Choi
,
Mol. Cells
36
,
39
46
(
2013
).
250.
D.
Narasimhan
,
M. R.
Nance
,
D.
Gao
,
M. C.
Ko
,
J.
Macdonald
,
P.
Tamburi
,
D.
Yoon
,
D. M.
Landry
,
J. H.
Woods
,
C. G.
Zhan
,
J. J.
Tesmer
, and
R. K.
Sunahara
,
Protein Eng., Des. Sel.
23
,
537
547
(
2010
).
251.
S.
Ahmad
and
N. M.
Rao
,
Protein Sci.
18
,
1183
1196
(
2009
).
252.
A. V.
Grinberg
and
R.
Bernhardt
,
Arch. Biochem. Biophys.
396
,
25
34
(
2001
).
253.
H.
Uhlmann
and
R.
Bernhardt
,
J. Biol. Chem.
270
,
29959
29966
(
1995
).
254.
V. S.
De Serrano
and
F. J.
Castellino
,
Biochemistry
33
,
3509
3514
(
1994
).
255.
Y.
Chang
,
J.
Zajicek
, and
F. J.
Castellino
,
Biochemistry
36
,
7652
7663
(
1997
).
256.
V. S.
De Serrano
and
F. J.
Castellino
,
Biochemistry
31
,
3326
3335
(
1992
).
257.
N. C.
Vercillo
,
K. J.
Herald
,
J. M.
Fox
,
B. S.
Der
, and
J. D.
Dattelbaum
,
Protein Sci.
16
,
362
368
(
2007
).
258.
M. D.
Kumar
,
K. A.
Bava
,
M. M.
Gromiha
,
P.
Prabakaran
,
K.
Kitajima
,
H.
Uedaira
, and
A.
Sarai
,
Nucleic Acids Res.
34
,
D204
D206
(
2006
).
259.
F.
Pucci
,
R.
Bourgeas
, and
M.
Rooman
,
Sci. Rep.
6
,
23257
(
2016
).
260.
G. D.
Haki
and
S. K.
Rakshit
,
Bioresour. Technol.
89
,
17
34
(
2003
).
261.
M. E.
Cruins
,
A. E.
Janssen
, and
R. M.
Boom
,
Appl. Biochem. Biotechnol.
90
,
155
186
(
2001
).
262.
K. S.
Siddiqui
,
Biotechnol. Adv.
33
,
1912
1922
(
2015
).
263.
H. M.
Berman
,
J.
Westbrook
,
Z.
Feng
,
G.
Gilliland
,
T. N.
Bhat
,
H.
Weissig
,
I. N.
Shindyalov
, and
P. E.
Bourne
,
Nucleic Acids Res.
28
,
235
242
(
2000
).
264.
M.
De Laet
,
D.
Gilis
, and
M.
Rooman
,
Proteins
84
,
143
158
(
2016
).
265.
J. D.
Bryngelson
and
P. G.
Wolynes
,
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
84
,
7524
7528
(
1987
).
266.
A. D.
Dalkas
,
F.
Teheux
,
J. M.
Kwasigroch
, and
M.
Rooman
,
Proteins
82
,
1734
1746
(
2014
).
267.
F.
Pucci
,
K.
Bernaerts
,
F.
Teheux
,
D.
Gilis
, and
M.
Rooman
,
IFAC-PapersOnLine
48
,
458
463
(
2015
).
268.
See supplementary material at http://dx.doi.org/10.1063/1.4947493 or at http://babylone.ulb.ac.be (HoTMuSiC dataset) for downloading the dataset that we have constructed.

Supplementary Material

You do not currently have access to this content.