We develop a multiscale coarse-grain model of the NIST Monoclonal Antibody Reference Material 8671 (NISTmAb) to enable systematic computational investigations of high-concentration physical instabilities such as phase separation, clustering, and aggregation. Our multiscale coarse-graining strategy captures atomic-resolution interactions with a computational approach that is orders of magnitude more efficient than atomistic models, assuming the biomolecule can be decomposed into one or more rigid bodies with known, fixed structures. This method reduces interactions between tens of thousands of atoms to a single anisotropic interaction site. The anisotropic interaction between unique pairs of rigid bodies is precomputed over a discrete set of relative orientations and stored, allowing interactions between arbitrarily oriented rigid bodies to be interpolated from the precomputed table during coarse-grained Monte Carlo simulations. We present this approach for lysozyme and lactoferrin as a single rigid body and for the NISTmAb as three rigid bodies bound by a flexible hinge with an implicit solvent model. This coarse-graining strategy predicts experimentally measured radius of gyration and second osmotic virial coefficient data, enabling routine Monte Carlo simulation of medically relevant concentrations of interacting proteins while retaining atomistic detail. All methodologies used in this work are available in the open-source software Free Energy and Advanced Sampling Simulation Toolkit.

1.
A.
Brown
,
Nat. Rev. Drug Discovery
22
,
8
(
2022
).
2.
N. A.
McGrath
,
M.
Brichacek
, and
J. T.
Njardarson
,
J. Chem. Educ.
87
,
1348
(
2010
).
4.
S. J.
Shire
,
Z.
Shahrokh
, and
J.
Liu
,
J. Pharm. Sci.
93
,
1390
(
2004
).
5.
A.
Matucci
,
A.
Vultaggio
, and
R.
Danesi
,
Respir. Res.
19
,
154
(
2018
).
6.
7.
W. F.
Weiss
,
T. M.
Young
, and
C. J.
Roberts
,
J. Pharm. Sci.
98
,
1246
(
2009
).
8.
W.
Wang
and
C. J.
Roberts
,
Aggregation of Therapeutic Proteins
(
John Wiley & Sons
,
2010
).
10.
A.
Chaudhri
,
I. E.
Zarraga
,
T. J.
Kamerzell
,
J. P.
Brandt
,
T. W.
Patapoff
,
S. J.
Shire
, and
G. A.
Voth
,
J. Phys. Chem. B
116
,
8045
(
2012
).
11.
M. M.
Castellanos
,
J. A.
Snyder
,
M.
Lee
,
S.
Chakravarthy
,
N. J.
Clark
,
A.
McAuley
, and
J. E.
Curtis
,
Antibodies
6
,
25
(
2017
).
12.
J. E.
Schiel
,
M. J.
Tarlov
,
K. W.
Phinney
,
O. V.
Borisov
, and
D. L.
Davis
,
State-of-the-Art and Emerging Technologies for Therapeutic Monoclonal Antibody Characterization: Volume 3. Defining the Next Generation of Analytical and Biophysical Techniques
,
ACS Symposium Series Vol. 1202
(
American Chemical Society
,
2015
), pp.
415
431
.
13.
J. P.
Marino
,
R. G.
Brinson
,
J. W.
Hudgens
,
J. E.
Ladner
,
D. T.
Gallagher
,
E. S.
Gallagher
,
L. W.
Arbogast
, and
R. Y.-C.
Huang
,
State-of-the-Art and Emerging Technologies for Therapeutic Monoclonal Antibody Characterization: Volume 3. Defining the Next Generation of Analytical and Biophysical Techniques
,
ACS Symposium Series Vol. 1202
(
American Chemical Society
,
2015
), pp.
17
43
.
14.
M. M.
Castellanos
,
N. J.
Clark
,
M. C.
Watson
,
S.
Krueger
,
A.
McAuley
, and
J. E.
Curtis
,
J. Phys. Chem. B
120
,
12511
(
2016
).
15.
Y.
Zhai
,
N. S.
Martys
,
W. L.
George
,
J. E.
Curtis
,
J.
Nayem
,
Y.
Z
, and
Y.
Liu
,
Struct. Dyn.
8
,
024102
(
2021
).
16.
I.
Yu
,
T.
Mori
,
T.
Ando
,
R.
Harada
,
J.
Jung
,
Y.
Sugita
, and
M.
Feig
,
eLife
5
,
e19274
(
2016
).
17.
D. E.
Shaw
,
J.
Grossman
,
J. A.
Bank
,
B.
Batson
,
J. A.
Butts
,
J. C.
Chao
,
M. M.
Deneroff
,
R. O.
Dror
,
A.
Even
,
C. H.
Fenton
,
A.
Forte
,
J.
Gagliardo
,
G.
Gill
,
B.
Greskamp
,
C. R.
Ho
,
D. J.
Ierardi
,
L.
Iserovich
,
J. S.
Kuskin
,
R. H.
Larson
,
T.
Layman
,
L.-S.
Lee
,
A. K.
Lerer
,
C.
Li
,
D.
Killebrew
,
K. M.
Mackenzie
,
S. Y.-H.
Mok
,
M. A.
Moraes
,
R.
Mueller
,
L. J.
Nociolo
,
J. L.
Peticolas
,
T.
Quan
,
D.
Ramot
,
J. K.
Salmon
,
D. P.
Scarpazza
,
U. B.
Schafer
,
N.
Siddique
,
C. W.
Snyder
,
J.
Spengler
,
P. T. P.
Tang
,
M.
Theobald
,
H.
Toma
,
B.
Towles
,
B.
Vitale
,
S. C.
Wang
, and
C.
Young
, in
SC ’14: Proceedings of the International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis
(
IEEE
,
2014
), pp.
41
53
.
18.
M. M.
Rickard
,
Y.
Zhang
,
M.
Gruebele
, and
T. V.
Pogorelov
,
J. Phys. Chem. Lett.
10
,
5667
(
2019
).
19.
G. A.
Voth
,
Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems
(
CRC Press
,
2008
).
20.
J. K.
Cheung
and
T. M.
Truskett
,
Biophys. J.
89
,
2372
(
2005
).
21.
J. K.
Cheung
,
P. S.
Raverkar
, and
T. M.
Truskett
,
J. Chem. Phys.
125
,
224903
(
2006
).
22.
V. K.
Shen
,
J. K.
Cheung
,
J. R.
Errington
, and
T. M.
Truskett
,
Biophys. J.
90
,
1949
(
2006
).
23.
J. K.
Cheung
,
V. K.
Shen
,
J. R.
Errington
, and
T. M.
Truskett
,
Biophys. J.
92
,
4316
(
2007
).
24.
V. K.
Shen
,
J. K.
Cheung
,
J. R.
Errington
, and
T. M.
Truskett
,
J. Biomech. Eng.
131
,
071002
(
2009
).
25.
V.
Ramasubramani
,
T.
Vo
,
J. A.
Anderson
, and
S. C.
Glotzer
,
J. Chem. Phys.
153
,
084106
(
2020
).
27.
S.
Izvekov
and
G. A.
Voth
,
J. Chem. Phys.
123
,
134105
(
2005
).
28.
A.
Chaudhri
,
I. E.
Zarraga
,
S.
Yadav
,
T. W.
Patapoff
,
S. J.
Shire
, and
G. A.
Voth
,
J. Phys. Chem. B
117
,
1269
(
2013
).
29.
M. A.
Blanco
,
T.
Perevozchikova
,
V.
Martorana
,
M.
Manno
, and
C. J.
Roberts
,
J. Phys. Chem. B
118
,
5817
(
2014
).
30.
H. W.
Hatch
,
J.
Mittal
, and
V. K.
Shen
,
J. Chem. Phys.
142
,
164901
(
2015
).
31.
H. W.
Hatch
,
S.-Y.
Yang
,
J.
Mittal
, and
V. K.
Shen
,
Soft Matter
12
,
4170
(
2016
).
32.
J. W.
Wagner
,
J. F.
Dama
,
A. E. P.
Durumeric
, and
G. A.
Voth
,
J. Chem. Phys.
145
,
044108
(
2016
).
33.
R. D.
Mountain
,
H. W.
Hatch
, and
V. K.
Shen
,
Fluid Phase Equilib.
440
,
87
(
2017
).
34.
J. F.
Dama
,
J.
Jin
, and
G. A.
Voth
,
J. Chem. Theory Comput.
13
,
1010
(
2017
).
35.
C. J.
O’Brien
,
M. A.
Blanco
,
J. A.
Costanzo
,
M.
Enterline
,
E. J.
Fernandez
,
A. S.
Robinson
, and
C. J.
Roberts
,
Protein Eng., Des. Sel.
29
,
231
(
2016
).
36.
G. V.
Barnett
,
M.
Drenski
,
V.
Razinkov
,
W. F.
Reed
, and
C. J.
Roberts
,
Anal. Biochem.
511
,
80
(
2016
).
37.
C.
Calero-Rubio
,
A.
Saluja
,
E.
Sahin
, and
C. J.
Roberts
,
J. Phys. Chem. B
123
,
5709
(
2019
).
38.
M. A.
Woldeyes
,
C.
Calero-Rubio
,
E. M.
Furst
, and
C. J.
Roberts
, in
Protein Self-Assembly: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology
, edited by
J. J.
McManus
(
Springer
,
New York, NY
,
2019
), pp.
23
37
.
39.
N.
Skar-Gislinge
,
M.
Ronti
,
T.
Garting
,
C.
Rischel
,
P.
Schurtenberger
,
E.
Zaccarelli
, and
A.
Stradner
,
Mol. Pharmaceutics
16
,
2394
(
2019
).
40.
H.
Shahfar
,
J. K.
Forder
, and
C. J.
Roberts
,
J. Phys. Chem. B
125
,
3574
(
2021
).
41.
S.
Mahapatra
,
M.
Polimeni
,
L.
Gentiluomo
,
D.
Roessner
,
W.
Frieß
,
G. H. J.
Peters
,
W. W.
Streicher
,
M.
Lund
, and
P.
Harris
,
Mol. Pharmaceutics
19
,
508
(
2022
).
42.
J. K.
Forder
,
A. J.
Ilott
,
E.
Sahin
, and
C. J.
Roberts
,
AIChE J.
69
,
e17965
(
2023
).
43.
M.
Polimeni
,
E.
Zaccarelli
,
A.
Gulotta
,
M.
Lund
,
A.
Stradner
, and
P.
Schurtenberger
,
APL Bioeng.
8
,
016111
(
2024
).
44.
J. K.
Forder
,
V.
Palakollu
,
S.
Adhikari
,
M. A.
Blanco
,
M. G.
Derebe
,
H. M.
Ferguson
,
S. A.
Luthra
,
E. V.
Munsell
, and
C. J.
Roberts
,
Mol. Pharmaceutics
21
,
1321
(
2024
).
45.
A.
Grünberger
,
P.-K.
Lai
,
M. A.
Blanco
, and
C. J.
Roberts
,
J. Phys. Chem. B
117
,
763
(
2013
).
46.
M. A.
Blanco
,
E.
Sahin
,
A. S.
Robinson
, and
C. J.
Roberts
,
J. Phys. Chem. B
117
,
16013
(
2013
).
47.
C.
Calero-Rubio
,
A.
Saluja
, and
C. J.
Roberts
,
J. Phys. Chem. B
120
,
6592
(
2016
).
48.
A.
Chowdhury
,
J. A.
Bollinger
,
B. J.
Dear
,
J. K.
Cheung
,
K. P.
Johnston
, and
T. M.
Truskett
,
Mol. Pharmaceutics
17
,
1748
(
2020
).
49.
J. J.
Hung
,
W. F.
Zeno
,
A. A.
Chowdhury
,
B. J.
Dear
,
K.
Ramachandran
,
M. P.
Nieto
,
T. Y.
Shay
,
C. A.
Karouta
,
C. C.
Hayden
,
J. K.
Cheung
,
T. M.
Truskett
,
J. C.
Stachowiak
, and
K. P.
Johnston
,
Soft Matter
15
,
6660
(
2019
).
50.
B. J.
Dear
,
J. A.
Bollinger
,
A.
Chowdhury
,
J. J.
Hung
,
L. R.
Wilks
,
C. A.
Karouta
,
K.
Ramachandran
,
T. Y.
Shay
,
M. P.
Nieto
,
A.
Sharma
,
J. K.
Cheung
,
D.
Nykypanchuk
,
P. D.
Godfrin
,
K. P.
Johnston
, and
T. M.
Truskett
,
J. Phys. Chem. B
123
,
5274
(
2019
).
51.
N.
Skar-Gislinge
,
F.
Camerin
,
A.
Stradner
,
E.
Zaccarelli
, and
P.
Schurtenberger
,
Mol. Pharmaceutics
20
,
2738
(
2023
).
52.
M. A.
Blanco
,
H. W.
Hatch
,
J. E.
Curtis
, and
V. K.
Shen
,
J. Pharm. Sci.
108
,
1663
(
2019
).
53.
P.
Mereghetti
,
R. R.
Gabdoulline
, and
R. C.
Wade
,
Biophys. J.
99
,
3782
(
2010
).
54.
S. R.
McGuffee
and
A. H.
Elcock
,
PLoS Comput. Biol.
6
,
e1000694
(
2010
).
55.
V.
Prytkova
,
M.
Heyden
,
D.
Khago
,
J. A.
Freites
,
C. T.
Butts
,
R. W.
Martin
, and
D. J.
Tobias
,
J. Phys. Chem. B
120
,
8115
(
2016
).
56.
B. B.
Majumdar
,
V.
Prytkova
,
E. K.
Wong
,
J. A.
Freites
,
D. J.
Tobias
, and
M.
Heyden
,
J. Chem. Theory Comput.
15
,
1399
(
2019
).
57.
B. B.
Majumdar
,
S.
Ebbinghaus
, and
M.
Heyden
,
J. Theor. Comput. Chem.
17
,
1840006
(
2018
).
58.
S. P.
Carmichael
and
M. S.
Shell
,
J. Chem. Phys.
139
,
164705
(
2013
).
59.
H. W.
Hatch
,
W. P.
Krekelberg
,
S. D.
Hudson
, and
V. K.
Shen
,
J. Chem. Phys.
144
,
194902
(
2016
).
60.
H. W.
Hatch
,
N. A.
Mahynski
,
R. P.
Murphy
,
M. A.
Blanco
, and
V. K.
Shen
,
AIP Adv.
8
,
095210
(
2018
).
61.
R. P.
Murphy
,
H. W.
Hatch
,
N. A.
Mahynski
,
V. K.
Shen
, and
N. J.
Wagner
,
Soft Matter
16
,
1279
(
2020
).
62.
H. W.
Hatch
and
G. W.
McCann
,
J. Res. Natl. Inst. Stand. Technol.
124
,
1
(
2019
).
63.
I. A.
Vakser
,
S.
Grudinin
,
N. W.
Jenkins
,
P. J.
Kundrotas
, and
E. J.
Deeds
,
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
119
,
e2210249119
(
2022
).
64.
S.
Qin
and
H.-X.
Zhou
,
J. Phys. Chem. B
123
,
8203
(
2019
).
65.
A. J.
Schultz
and
D. A.
Kofke
,
J. Chem. Phys.
157
,
190901
(
2022
).
66.
F.
Platten
,
N. E.
Valadez-Pérez
,
R.
Castañeda-Priego
, and
S. U.
Egelhaaf
,
J. Chem. Phys.
142
,
174905
(
2015
).
67.
A. Y.
Xu
,
M. A.
Blanco
,
M. M.
Castellanos
,
C. W.
Meuse
,
K.
Mattison
,
I.
Karageorgos
,
H. W.
Hatch
,
V. K.
Shen
, and
J. E.
Curtis
,
J. Phys. Chem. B
127
,
8344
(
2023
).
68.
N.
Sibanda
,
R. K.
Shanmugam
, and
R.
Curtis
,
Mol. Pharmaceutics
20
,
2662
(
2023
).
69.
M. G.
Noro
and
D.
Frenkel
,
J. Chem. Phys.
113
,
2941
(
2000
).
70.
H. W.
Hatch
,
S.
Jiao
,
N. A.
Mahynski
,
M. A.
Blanco
, and
V. K.
Shen
,
J. Chem. Phys.
147
,
231102
(
2017
).
71.
N. A.
Mahynski
,
S.
Jiao
,
H. W.
Hatch
,
M. A.
Blanco
, and
V. K.
Shen
,
J. Chem. Phys.
148
,
194105
(
2018
).
72.
J. I.
Monroe
,
H. W.
Hatch
,
N. A.
Mahynski
,
M. S.
Shell
, and
V. K.
Shen
,
J. Chem. Phys.
153
,
144101
(
2020
).
73.
S.
Yadav
,
T. M.
Laue
,
D. S.
Kalonia
,
S. N.
Singh
, and
S. J.
Shire
,
Mol. Pharmaceutics
9
,
791
(
2012
).
74.
E.
Binabaji
,
J.
Ma
, and
A. L.
Zydney
,
Pharm. Res.
32
,
3102
(
2015
).
75.
J. K.
Singh
and
D. A.
Kofke
,
Phys. Rev. Lett.
92
,
220601
(
2004
).
76.
W.
Humphrey
,
A.
Dalke
, and
K.
Schulten
,
J. Mol. Graphics
14
,
33
(
1996
).
77.
A. C. M.
Young
,
J. C.
Dewan
,
C.
Nave
, and
R. F.
Tilton
,
J. Appl. Crystallogr.
26
,
309
(
1993
).
78.
A. S.
Parmar
and
M.
Muschol
,
Biophys. J.
97
,
590
(
2009
).
79.
H. W.
Hatch
,
N. A.
Mahynski
, and
V. K.
Shen
,
J. Res. Natl. Inst. Stand. Technol.
123
,
123004
(
2018
).
80.
H. W.
Hatch
,
D. W.
Siderius
, and
V. K.
Shen
,
J. Chem. Phys.
161
,
092501
(
2024
).
81.
R.
Huey
,
G. M.
Morris
,
A. J.
Olson
, and
D. S.
Goodsell
,
J. Comput. Chem.
28
,
1145
(
2007
).
82.
D.
Sitkoff
,
K. A.
Sharp
, and
B.
Honig
,
J. Phys. Chem.
98
,
1978
(
1994
).
83.
T. J.
Dolinsky
,
J. E.
Nielsen
,
J. A.
McCammon
, and
N. A.
Baker
,
Nucleic Acids Res.
32
,
W665
(
2004
).
84.
M. H. M.
Olsson
,
C. R.
Søndergaard
,
M.
Rostkowski
, and
J. H.
Jensen
,
J. Chem. Theory Comput.
7
,
525
(
2011
).
85.
F.
Sciortino
,
S.
Mossa
,
E.
Zaccarelli
, and
P.
Tartaglia
,
Phys. Rev. Lett.
93
,
055701
(
2004
).
86.
Y.
Liu
and
Y.
Xi
,
Curr. Opin. Colloid Interface Sci.
39
,
123
(
2019
).
87.
W. H.
Press
,
S. A.
Teukolsky
,
W. T.
Vetterling
, and
B. P.
Flannery
,
Numerical Recipes: The Art of Scientific Computing
(
Cambridge University Press
,
2007
).
88.
M.
Lund
,
M.
Trulsson
, and
B.
Persson
,
Source Code Biol. Med.
3
,
17
(
2008
).
89.
K. M.
Benjamin
,
J. K.
Singh
,
A. J.
Schultz
, and
D. A.
Kofke
,
J. Phys. Chem. B
111
,
11463
(
2007
).
90.
91.
E.
Katchalski-Katzir
,
I.
Shariv
,
M.
Eisenstein
,
A. A.
Friesem
,
C.
Aflalo
, and
I. A.
Vakser
,
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
89
,
2195
(
1992
).
92.
D. F.
Rosenbaum
and
C. F.
Zukoski
,
J. Cryst. Growth
169
,
752
(
1996
).
93.
H.
Bajaj
,
V. K.
Sharma
, and
D. S.
Kalonia
,
Biophys. J.
87
,
4048
(
2004
).
94.
O. D.
Velev
,
E. W.
Kaler
, and
A. M.
Lenhoff
,
Biophys. J.
75
,
2682
(
1998
).
95.
F.
Bonneté
,
S.
Finet
, and
A.
Tardieu
,
J. Cryst. Growth
196
,
403
(
1999
).
96.
R. A.
Curtis
,
C.
Steinbrecher
,
M.
Heinemann
,
H. W.
Blanch
, and
J. M.
Prausnitz
,
Biophys. Chem.
98
,
249
(
2002
).
97.
A.
Rohatgi
, WebPlotDigitizer: Version 4.7,
2024
.
98.
R. A.
Curtis
,
J. M.
Prausnitz
, and
H. W.
Blanch
,
Biotechnol. Bioeng.
57
,
11
(
1998
).
99.
W.
Li
,
B. A.
Persson
,
M.
Lund
,
J.
Bergenholtz
, and
M.
Zackrisson Oskolkova
,
J. Phys. Chem. B
120
,
8953
(
2016
).
100.
W.
Li
,
B. A.
Persson
,
M.
Morin
,
M. A.
Behrens
,
M.
Lund
, and
M.
Zackrisson Oskolkova
,
J. Phys. Chem. B
119
,
503
(
2015
).
101.
B. A.
Persson
,
M.
Lund
,
J.
Forsman
,
D. E. W.
Chatterton
, and
T.
Åkesson
,
Biophys. Chem.
151
,
187
(
2010
).
102.
W.
Li
,
M.
Morin
,
E.
Gustafsson
,
B. A.
Persson
,
M.
Lund
, and
M.
Zackrisson Oskolkova
,
Soft Matter
12
,
9330
(
2016
).
103.
C.
Bergonzo
and
D. T.
Gallagher
,
J. Res. Natl. Inst. Stand. Technol.
126
,
126012
(
2021
).
104.
D. T.
Gallagher
,
C. V.
Galvin
, and
I.
Karageorgos
,
Acta Crystallogr., Sect. F: Struct. Biol. Commun.
74
,
524
(
2018
).
105.
I.
Karageorgos
,
E. S.
Gallagher
,
C.
Galvin
,
D. T.
Gallagher
, and
J. W.
Hudgens
,
Biologicals
50
,
27
(
2017
).
106.
D. R.
Roe
and
C.
Bergonzo
,
J. Comput. Chem.
43
,
930
(
2022
).
107.
J. M.
Prien
,
H.
Stöckmann
,
S.
Albrecht
,
S. M.
Martin
,
M.
Varatta
,
M.
Furtado
,
S.
Hosselet
,
M.
Wang
,
T.
Formolo
,
P. M.
Rudd
, and
J. E.
Schiel
,
State-of-the-Art and Emerging Technologies for Therapeutic Monoclonal Antibody Characterization: Volume 2. Biopharmaceutical Characterization: The NISTmAb Case Study
,
ACS Symposium Series Vol. 1201
(
American Chemical Society
,
2015
), Sec. 4, pp.
185
235
.
108.
D. A.
Case
,
S. R.
Brozell
,
D. S.
Cerutti
,
T. E.
Cheatham
III
,
V. W. D.
Cruzeiro
,
T. A.
Darden
,
R. E.
Duke
,
D.
Ghoreishi
,
H.
Gohlke
,
A. W.
Goetz
,
D.
Greene
,
R.
Harris
,
N.
Homeyer
,
S.
Izadi
,
A.
Kovalenko
,
T. S.
Lee
,
S.
LeGrand
,
P.
Li
,
C.
Lin
,
J.
Liu
,
T.
Luchko
,
R.
Luo
,
D.
Mermelstein
,
K. M.
Merz
,
Y.
Miao
,
G.
Monard
,
C.
Nguyen
,
H.
Nguyen
,
I.
Omelyan
,
A.
Onufriev
,
F.
Pan
,
R.
Qi
,
D. R.
Roe
,
A.
Roitberg
,
C.
Sagui
,
S.
Schott-Verdugo
,
J.
Shen
,
C. L.
Simmerling
,
J.
Smith
,
R.
Salomon-Ferrer
,
J.
Swails
,
R. C.
Walker
,
J.
Wang
,
H.
Wei
,
R. M.
Wolf
,
X.
Wu
,
L.
Xiao
,
D. M.
York
, and
P. A.
Kollman
, AMBER 2018,
University of California
,
San Francisco
,
2018
.
109.
J. A.
Maier
,
C.
Martinez
,
K.
Kasavajhala
,
L.
Wickstrom
,
K. E.
Hauser
, and
C.
Simmerling
,
J. Chem. Theory Comput.
11
,
3696
(
2015
).
110.
K. N.
Kirschner
,
A. B.
Yongye
,
S. M.
Tschampel
,
J.
González-Outeiriño
,
C. R.
Daniels
,
B. L.
Foley
, and
R. J.
Woods
,
J. Comput. Chem.
29
,
622
(
2008
).
111.
H. J. C.
Berendsen
,
J. R.
Grigera
, and
T. P.
Straatsma
,
J. Phys. Chem.
91
,
6269
(
1987
).
112.
I. S.
Joung
and
T. E. I.
Cheatham
,
J. Phys. Chem. B
112
,
9020
(
2008
).
113.
D. R.
Roe
and
B. R.
Brooks
,
J. Chem. Phys.
153
,
054123
(
2020
).
114.
R.
Salomon-Ferrer
,
A. W.
Götz
,
D.
Poole
,
S.
Le Grand
, and
R. C.
Walker
,
J. Chem. Theory Comput.
9
,
3878
(
2013
).
115.
C. W.
Hopkins
,
S.
Le Grand
,
R. C.
Walker
, and
A. E.
Roitberg
,
J. Chem. Theory Comput.
11
,
1864
(
2015
).
116.
J.-P.
Ryckaert
,
G.
Ciccotti
, and
H. J. C.
Berendsen
,
J. Comput. Phys.
23
,
327
(
1977
).
117.
T.
Darden
,
D.
York
, and
L.
Pedersen
,
J. Chem. Phys.
98
,
10089
(
1993
).
118.
J.
Åqvist
,
P.
Wennerström
,
M.
Nervall
,
S.
Bjelic
, and
B. O.
Brandsdal
,
Chem. Phys. Lett.
384
,
288
(
2004
).
119.
R. J.
Loncharich
,
B. R.
Brooks
, and
R. W.
Pastor
,
Biopolymers
32
,
523
(
1992
).
120.
D. J.
Sindhikara
,
S.
Kim
,
A. F.
Voter
, and
A. E.
Roitberg
,
J. Chem. Theory Comput.
5
,
1624
(
2009
).
121.
D. R.
Roe
and
T. E. I.
Cheatham
,
J. Chem. Theory Comput.
9
,
3084
(
2013
).
122.
J. I.
Siepmann
and
D.
Frenkel
,
Mol. Phys.
75
,
59
(
1992
).
123.
M. M.
Castellanos
,
S. C.
Howell
,
D. T.
Gallagher
, and
J. E.
Curtis
,
Anal. Bioanal. Chem.
410
,
2141
(
2018
).
124.
M. M.
Castellanos
,
K.
Mattison
,
S.
Krueger
, and
J. E.
Curtis
,
Anal. Bioanal. Chem.
410
,
2161
(
2018
).
125.
N. J.
Clark
,
H.
Zhang
,
S.
Krueger
,
H. J.
Lee
,
R. R.
Ketchem
,
B.
Kerwin
,
S. R.
Kanapuram
,
M. J.
Treuheit
,
A.
McAuley
, and
J. E.
Curtis
,
J. Phys. Chem. B
117
,
14029
(
2013
).
126.
K. R. S.
Shaul
,
A. J.
Schultz
, and
D. A.
Kofke
,
J. Chem. Phys.
135
,
124101
(
2011
).
127.
A.
Hoffmann
and
S.
Grudinin
,
J. Chem. Theory Comput.
13
,
2123
(
2017
).
128.
H.
Nguyen
,
D. R.
Roe
, and
C.
Simmerling
,
J. Chem. Theory Comput.
9
,
2020
(
2013
).
You do not currently have access to this content.