Results from replica-exchange and regular room temperature molecular dynamics simulations of the Alzheimer’s amyloid monomer in an implicit solvent are reported. Our data indicate that at room temperature, the monomer assumes random-coil and soluble conformations. No beta content is observed which therefore seems to be a product of oligomerization and aggregation of monomers.
REFERENCES
1.
Rainulf A.
Stelzmann
, H. Norman
Schnitzlein
, and F. Reed
Murtagh
, Clinical Anatomy
8
, 429
(1995
).2.
D. J.
Selkoe
, Nature (London)
399
, A23
(1999
).3.
K. N.
Dahlgren
, A. M.
Manelli
, W. B.
Stine
, L. K.
Baker
, G. A.
Krafft
, and M. J.
LaDu
, J. Biol. Chem.
277
, 32046
(2002
).4.
R.
Tycko
, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc.
42
, 53
(2003
).5.
A.
Petkova
, T. Y.
Ishii
, J. J.
Balbach
, O. N.
Antzutkin
, R. D.
Leapman
, F.
Delaglio
, and R.
Tycko
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
99
, 16742
(2002
).6.
M.
Torok
, S.
Milton
, R.
Kayed
, P.
Wu
, T.
McIntiri
, C. G.
Glabe
, and R.
Langen
, J. Biol. Chem.
277
, 40810
(2002
).7.
L. C.
Serpell
, Biochim. Biophys. Acta
1502
, 16
(2000
).8.
L.
Hou
, H.
Shao
, Y.
Zhang
, H.
Li
, N. K.
Menon
, E. B.
Neuhaus
, J. M.
Brewer
, I. J. L.
Byeona
, D. G.
Ray
, M. P.
Vitek
, T.
Iwashita
, R. A.
Makula
, A. B.
Przybyla
, and M. G.
Zagorski
, J. Am. Chem. Soc.
126
, 1992
(2004
).9.
Y.
Fezori
and D. B.
Teplow
, J. Biol. Chem.
277
, 36948
(2002
).10.
Y. R.
Chen
, H. B.
Huang
, and C. L.
Chyan
, J. Biochem. (Tokyo)
139
, 733
(2006
).11.
B. Y.
Ma
and R.
Nussinov
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
99
, 14126
(2002
).12.
G.
Favrin
, A.
Irbäck
, and S.
Mohanty
, Biophys. J.
87
, 3657
(2004
).13.
U. H. E.
Hansmann
, Chem. Phys. Lett.
281
, 140
(1997
).14.
Y.
Sugita
and Y.
Okamoto
, Chem. Phys. Lett.
314
, 141
(1999
).15.
Soma
Banerjee
, Conformational analysis and molecular modeling of AB assembly; implications for Alzheimer's disease, MSc Thesis, Panjab University Chandigarh (2003
).16.
H.
Stricht
, P.
Bayer
, D.
Willbold
, S.
Dames
, C.
Hilbich
, K.
Beyreuther
, R. W.
Frank
, and P.
Rosch
, Eur. J. Biochem.
233
, 293
(1995
).17.
D. A.
Case
, T. A.
Darden
, T. E.
Cheatham
III, C. L.
Simmerling
, J.
Wang
, R. E.
Duke
, R.
Luo
, K. M.
Merz
, D. A.
Pearlman
, M.
Crowley
, R. C.
Walker
, W.
Zhang
, B.
Wang
, S.
Hayik
, A.
Roitberg
, G.
Seabra
, K. F.
Wong
, F.
Paesani
, X.
Wu
, S.
Brozell
, V.
Tsui
, H.
Gohlke
, L.
Yang
, C.
Tan
, J.
Mongan
, V.
Hornak
, G.
Cui
, P.
Beroza
, D. H.
Mathews
, C.
Schafmeister
, W. S.
Ross
, and P. A.
Kollman
, AMBER 9, University of California, San Francisco (2006
).18.
J.
Wang
, P.
Cieplak
and P. A.
Kollman
, J. Comput. Chem.
21
, 1049
(2000
).19.
G. D.
Hawkins
, C. J.
Cramer
, and D. G.
Truhlar
, J. Phys. Chem.
100
, 19824
(1996
).20.
W. F.
Gunsteren
and H. J. C.
Berendsen
, Mol. Phys.
34
, 1311
(1977
).21.
J. A.
Izaguirre
, D. P.
Catarello
, J. M.
Wozniak
, and R. D.
Skeel
, J. Chem. Phys.
114
, 2090
(2001
).22.
M.
Feig
, J.
Karanicolas
, and C. L.
Brooks
III, J. Mol. Graphics Modell.
22
, 377
(2004
).23.
W. L.
DeLano
, The PYMOL Molecular Graphics System, DeLano Scientific, Palo Alto, CA, 2002
.24.
W.
Kabsch
and C.
Sander
, Biopolymers
22
, 2577
(1983
).25.
J. W.
Pitera
and W.
Swope
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
100
, 7587
(2003
).26.
H.
Shao
, S.
Jao
, K.
Ma
, and M. G.
Zagorski
, J. Mol. Biol.
285
, 755
(1999
).27.
O.
Crescenzi
, S.
Tomaselli
, R.
Guerrini
, S.
Salvadori
, A. M. D.
Ursi
, P. A.
Temussi
, and D.
Picone
, Eur. J. Biochem.
269
, 5642
(2002
).28.
B.
Tarus
, J. E.
Straub
, and D.
Thirumalai
, J. Mol. Biol.
345
, 1141
(2005
).29.
P. Y.
Chou
and G. D.
Fasman
, Biochemistry
13
, 222
(1974
).30.
R.
Riek
, P.
Guntert
, H.
Dobeli
, B.
Wipf
, and K.
Wüthrich
, Eur. J. Biochem.
268
, 5930
(2001
).31.
S.
Zhang
, K.
Iwata
, M. J.
Lachenmann
, J. W.
Peng
, S.
Li
, E. R.
Stimson
, Y. A.
Lu
, A. M.
Felix
, J. E.
Maggio
, and J. P.
Lee
, J. Struct. Biol.
130
, 130
(2000
).32.
P. E.
Fraser
, J. T.
Nguyen
, W. K.
Surewicz
, and D. A.
Kirschner
, Biophys. J.
60
, 1190
(1991
).33.
K. L.
Sciarretta
, D. L.
Gordan
, A. T.
Petkova
, R.
Tycko
, and S. C.
Meredith
, Biochemistry
44
, 6003
(2005
).34.
A.
Baumketner
and J. E.
Shea
, J. Phys. Chem. B
109
, 21322
(2005
).35.
D. M.
Walsh
, D. M.
Hartley
, Y.
Kusumoto
, Y.
Fezoui
, M. M.
Condron
, A.
Lomakin
, G. B.
Benedek
, D. J.
Selkoe
, and D. B.
Teplow
, J. Biol. Chem.
274
, 25945
(1999
).36.
M.
Kirkitadze
, M. M.
Condron
, and D. B.
Teplow
, J. Mol. Biol.
312
, 1103
(2001
).© 2008 American Institute of Physics.
2008
American Institute of Physics
You do not currently have access to this content.
