Coral symbiont diversity is one of the most important factors in coral resistance and coral reef resilience to bleaching. Many corals host only one symbiont clade, thus many of them vulnerable to climate change induced bleaching. Corals in Alas Strait have survived from several bleaching events. The present study aimed to look at genetic factors that potentially contributed to the survival of Echinoporalamellosa coral. Previously, E. lamellosawas reported to host only one clade of symbiont, either in Pacific or Indian Oceans. Here we provide new evidence on the ability of E. lamellosain hosting multiple clades of symbionts. The symbiont rDNA was extracted from small E. lamellosafragments and amplified by targeting ‘the non-coding gene region’ of ITS1-5.8S-ITS2. The clustering technique was used to determine the clade type of symbiont, by constructing the phylogenetic tree consist of the sequenced samples and downloaded sequences from GenBank NCBI as comparison. The constructed phylogenetic tree was based on Maximum Likelihood (ML) with bootstrap value 1000× to get the best result. The result shows the symbiont in E. lamellosatissue belonged to clades B and C. The combination of the two symbiont clades has never been recorded in previous studies, and it is very likely to have contributed to coral survival from bleaching events.

1.
Smith
,
E. G.
,
Hume
,
B. C.
,
Delaney
,
P.
,
Wiedenmann
,
J.
and
Burt
,
J. A.
,
Plos One
,
12
(
6
) (
2017a
).
2.
Chakravarti
,
L. J.
and
van Oppen
,
M. J.
,
Front in Mar Sci
,
5
(
227
) (
2018
).
3.
Stanley
,
G. D.
and
Swart
,
P.
,
Paleobiology
,
21
(
2
):
179
199
(
1995
).
4.
Baker
,
A. C.
,
Ann Rev EcolEvolSyst
,
34
(
1
):
661
689
(
2003
).
5.
Rodriguez-Lanetty
,
M.
,
MolPhylogeneticsEvol
,
28
(
1
):
152
168
(
2003
).
6.
Buddemeier
,
R. W.
and
Fautin
,
D. G.
,
BioScience
,
43
(
5
):
320
326
(
1993
).
7.
Thornhill
,
D. J.
,
LaJeunesse
,
T. D.
,
Kemp
,
D. W.
,
Fitt
,
W. K.
and
Schmidt
,
G. W.
,
Mar Biol
,
48
(
1
):
711
722
(
2006
).
8.
Silverstein
,
R. N.
,
Cunning
,
R.
and
Baker
,
A. C.
,
Glob Change Biol
,
21
(
1
) (
2015
).
9.
Claar
,
D. C.
,
Szostek
,
L.
,
McDevitt-Irwin
,
J. M.
,
Schanze
,
J. J.
and K, B. J.,
Plos One
,
13
(
2
):
e0190957
(
2018
).
10.
Lough
,
J. M.
,
Anderson
,
K. D.
and
Hughes
,
T. P.
,
Sci Rep
,
8
(
6079
) (
2018
).
11.
Berkelmans
,
R.
and
van Oppen
,
M. J.
,
Proc Royal Soc. Lond B BiolSci
,
273
(
1599
):
2305
2312
(
2006
).
12.
Krämer
,
W. E.
,
Caamano-Ricken
,
I.
,
Richter
,
C.
and
Bischof
,
K.
,
PhotochemPhotobiol
,
88
(
2
):
398
413
(
2012
).
13.
Bay
,
L. K.
,
Doyle
,
J.
,
Logan
,
M.
and
Berkelmans
,
B.
,
R Soc Open Sci
,
3
(
6
):
160322
(
2016
).
14.
Glynn
,
P. W.
,
Mate
,
J. L.
,
Baker
,
A. C.
and
Calderon
,
M. O.
,
Bull Mar Sci
,
69
(
1
):
79
109
(
2001
).
15.
Wouthuyzen
,
S.
,
Abrar
,
M.
and
Lorwens
,
J.
,
IOP ConfSer: Earth Environ Sci
,
180
(
1
) (
2018
).
16.
Hughes
,
T. P.
,
Kerry
,
J. T.
,
Alvarez-Noriega
,
M.
,
Alvarez-Romero
,
J. G.
,
Anderson
,
K. D.
,
Baird
,
A. H.
,
Babcock
,
R. C.
,
Beger
,
M.
,
Bellwood
,
D. R.
,
Berkelmans
,
R.
,
Bridge
,
T. C.
,
Butler
,
I. R.
,
Byrne
,
M.
,
Cantin
,
N. E.
,
Comeau
,
S.
,
Connolly
,
S. R.
,
Cumming
,
G. S.
,
Dalton
,
S. J.
,
Diaz-Pulido
,
G.
,
Eakin
,
C. M.
,
Figueira
,
W. F.
,
Gilmour
,
J. P.
,
Harrison
,
H. B.
,
Heron
,
S. F.
,
Hoey
,
A. S.
,
Hobbs
,
J. A.
,
Hoogenboom
,
M. O.
,
Kennedy
,
E. V.
,
Kuo
,
C. Y.
,
Lough
,
J. M.
,
Lowe
,
R. J.
,
Liu
,
G.
,
McCulloch
,
M. T.
,
Malcolm
,
H. A.
,
McWilliam
,
M. J.
,
Pandolfi
,
J. M.
,
Pears
,
R. J.
,
Pratchett
,
M. S.
,
Schoepf
,
V.
,
Simpson
,
T.
,
Skirving
,
W. J.
,
Sommer
,
B.
,
Torda
,
G.
,
Wachenfeld
,
D. R.
,
Willis
B. L.
and
Wilson
,
S. K.
,
Nature
,
543
(
7645
):
373
377
(
2017
).
17.
Hoegh-Guldberg
,
O.
,
Mar Freshwater Res
,
50
(
8
):
839
866
(
1999
).
18.
Wilkinson
,
C
,
Status of Coral Reefs of the World: 2000
(
Australian Institute of Marine Science
,
Queensland
,
2000
).
19.
Alemu
I
, J. B. and
Clement
,
Y
,
Plos One
,
9
(
1
):
e83829
(
2014
).
20.
Obura
,
D. O.
,
Bigot
,
L.
and
Benzoni
,
F.
,
PeerJ
,
6
:
e5305
(
2018
).
21.
Head
,
C. E.
and
Bayley
,
D. T.
,
Coral Reefs
,
38
(
4
):
605
618
(
2019
).
22.
Doshi
,
A.
,
Pascoe
,
S.
,
Thebaud
,
O.
,
Thomas
,
C. R.
,
Setiasih
,
N.
,
Hong
,
J. T. C.
,
True
,
J.
,
Schuttenberg
,
H. Z.
and
Heron
,
S. F.
,
Proc 12thInt Coral Reef Symp
,
Cairns, Australia
, 9-13 July 2012.(
2012
)
23.
Ampou
,
E. E.
,
Johan
,
O.
,
Menkes
,
C. E.
,
Nino
,
F.
,
Birol
,
F.
,
Ouillon
,
S.
and
Andréfouët
,
S.
,
Biogeosciences
,
14
(
4
):
817
826
(
2017
).
24.
Hughes
,
T. P.
,
Kerry
,
J. T.
and
Simpson
,
T.
,
Ecology
,
99
(
2
) (
2018a
).
25.
Hughes
,
T. P.
,
Kerry
,
J. T.
,
Baird
,
A. H.
,
Connolly
,
S. R.
,
Dietzel
,
A.
,
Eakin
,
C. M.
,
Heron
,
S. F.
,
Hoey
,
A. S.
,
Hoogenboom
,
M. O.
,
Liu
,
G.
,
McWilliam
,
M. J.
,
Pears
,
R. J.
,
Pratchett
,
M. S.
,
Skirving
,
W. J.
,
Stella
,
J. S.
and
Torda
,
G.
,
Nature
,
556
(
7702
):
492
496
(
2018b
).
26.
Setiawan
,
F.
,
Muttaqin
,
A.
,
Tarigan
,
S. A.
,
Muhidin
,
M.
,
Hotmariyah
,
H.
,
Sabil
,
A.
and
Pinkan
,
J.
,
JurnalKelautan
,
10
(
2
):
147
161
(
2017
).
27.
Bachtiar
,
I.
and
Hadi
,
T. A.
,
Biodiversitas
,
20
(
2
):
570
575
(
2019
).
28.
Fahlevy
,
K
, “
Influence of the Management Status on Coral Resilience due to the Bleaching Phenomenon at Marine Protected Areas, Gita Nada and GiliSulatLawang, Lombok, Indonesia
”. Master Thesis,
IPB
,
2017
.
29.
Yates
,
K. K.
,
Rogers
,
C. S.
,
Herlan
,
J. J.
,
Brooks
,
G. R.
,
Smiley
,
N. A.
and
Larson
,
R. A.
,
Biogeosciences
,
11
(
6
):
4321
4337
(
2014
).
30.
Camp
,
E. F.
,
Suggett
,
D. J.
,
Gendron
,
G.
,
Jompa
,
J.
,
Manfrino
,
C.
and
Smith
,
D. J.
,
Front in Mar Sci
,
3
(
52
) (
2016
).
31.
Guest
,
J. R.
,
Low
,
J.
,
Tun
,
K.
,
Wilson
,
B.
,
Ng
,
C.
,
Raingeard
,
D.
,
Ulstrup
,
K. E.
,
Tanzil
,
J. T. I.
,
Todd
,
P. A.
,
Toh
,
T. C.
,
McDougald
,
D.
and
Chou
,
L. M.
,
Sci Rep
,
6
(
20717
) (
2016
).
32.
Coelho
,
V. R.
,
Fenner
,
D.
,
Caruso
,
C.
,
Bayles
,
B. R.
,
Huang
,
Y.
and
Birkeland
,
C.
,
J Exp Mar BiolEcol
,
497
:
152
163
(
2017
).
33.
Stern
,
R. F.
,
Andersen
,
R. A.
,
Jameson
,
I.
,
Küpper
,
F. C.
,
Coffroth
,
M-A.
,
Vaulot
,
D.
,
Le Gall
,
F.
,
Véron
,
B.
,
Brand
,
J. J.
,
Skelton
,
H.
,
Kasai
,
F.
,
Lilly
,
E. L.
and
Keeling
,
P. J.
,
Plos One
,
7
(
8
):
e42780
(
2012
).
34.
Maduppa
,
H.
,
Anggraini
,
N. P.
and
Restiana
,
E
,
ModulPelatihan Marine Biodiversity and Molecular Ecology 2018
(
FPIK-IPB
,
Bogor
,
2018
), pp.
13
14
.
35.
Pochon
,
X.
,
Putnam
,
H. M.
and
Gates
,
R. D.
,
PeerJ
,
2
:
e394
(
2014
).
36.
Loh
,
W.
,
Hidaka
,
M.
,
Hirose
,
M.
and
Titlyanov
,
E. A.
,
JJpnCoral Reefs Soc
,
4
:
1
9
(
2002
).
37.
LaJeunesse
,
T. C.
,
Bhagooli
,
R.
,
Hidaka
,
M.
,
deVantier
,
L.
,
Done
,
T.
,
Schmidt
,
G. W.
,
Fitt
,
W. K.
and
Hoegh-Guldberg
,
O.
,
Mar EcolProgSer
,
284
:
147
161
(
2004
).
38.
Silverstein
,
R. N.
,
Correa
,
A. M.
,
LaJeunesse
,
T. C.
and
Baker
,
A. C.
,
Mar EcolProgSer
,
422
:
63
75
(
2011
).
39.
Rowan
,
R.
,
Knowlton
,
N.
,
Baker
,
A.
and
Jara
,
J.
,
Nature
,
388
:
265
269
(
1997
).
40.
Kahng
,
S. E.
,
Garcia-Sais
,
J. R.
,
Spalding
,
H. I.
,
Brokovich
,
E.
,
Wagner
,
D.
,
Weil
,
E.
,
Hinderstein
,
L.
and
Toonen
,
R. J.
,
Coral Reefs
,
29
(
2
):
255
275
(
2010
).
41.
Bongaerts
,
P.
,
Carmichael
,
M.
,
Hay
,
K. B.
,
Tonk
,
L.
,
Frade
,
P. R.
and
Hoegh-Guldberg
,
O.
,
R Soc Open Sci
,
2
(
2
):
140297
(
2015
).
42.
Goulet
,
T. L.
,
Mar EcolProgSer
,
335
:
243
248
(
2007
).
43.
Goulet
,
T. L.
,
Mar EcolProgSer
,
321
(
1
):
1
7
(
2006
).
44.
Howells
,
E. J.
,
Beltran
,
V. H.
,
Larsen
,
N. W.
,
Bay
,
L. K.
,
Willis
,
L. B.
and
van Oppen
,
M. J.
,
Nat Clim Change
,
2
(
2
):
116
120
(
2012
).
45.
Byler
,
K. A.
,
Carmi-Veal
,
M.
,
Fine
,
M.
and
Goulet
,
T. L.
,
Plos One
,
8
(
3
):
e59596
(
2013
).
46.
Savage
,
A. M.
,
Goodson
,
M. S.
,
Visram
,
S.
,
Trapido-Rosenthal
,
H.
,
Wiedenmann
,
J.
and
Douglas
,
A. E.
,
Mar EcolProgSer
,
244
:
17
26
(
2002
).
47.
Diekmann
,
O.
,
Olsen
,
J.
,
Stam
,
W.
and
Bak
,
R
,
Coral Reefs
,
22
(
1
),
29
33
(
2003
).
48.
Goulet
,
T. L.
and
Coffroth
,
M. A.
,
Coral Reefs
,
23
(
4
):
465
472
(
2004
).
49.
Pochon
,
X.
,
LaJeunesse
,
T. C.
and
Pawlowski
,
J.
,
Mar Biol
,
146
(
1
):
11
27
(
2004
).
50.
Burnett
,
W. J.
,
Mar EcolProgSer
,
234
:
105
109
(
2002
).
51.
Chauka
,
L. J.
,
West Indian Ocean J Mar Sci
,
11
(
1
):
67
76
(
2012
).
52.
Yang
,
S.
,
Keshavmurthy
,
S.
,
Obura
,
D.
,
Sheppard
,
C. R.
,
Visram
,
S.
and
Chen
,
C. A.
,
Plos One
,
7
(
5
):
e35836
(
2012
).
53.
Lee
,
M. J.
,
Jeong
,
H. J.
,
Jang
,
S. H.
,
Lee
,
S. Y.
,
Kang
,
N. S.
,
Lee
,
K. H.
,
Kim
,
H. S.
,
Wham
,
D. C.
and
LaJeunesse
,
T. C.
,
MicrobEcol
,
71
(
3
):
771
783
(
2016
).
54.
Rouzé
,
H.
,
Lecellier
,
G. J.
,
Saulnier
,
D.
,
Planes
,
S.
,
Gueguen
,
Y.
,
Wirshing
,
H. H.
and
Berteaux-Lecellier
,
V.
,
PeerJ
,
5
(
2017
).
55.
Purnomo
,
P. W.
,
Indonesian J Fish Sci Tech
,
7
(
1
):
39
45
(
2011
).
56.
LaJeunesse
,
T. C.
,
Smith
,
R.
,
Walther
,
M.
,
Pinzon
,
J.
,
Pettray
,
D. T.
,
McGinley
,
M.
,
Aschaffenburg
,
M.
,
Medina-Rosas
,
P.
,
Cupul-Magaña
,
A. L.
,
Pérez
,
A. L.
,
Reyes-Bonilla
,
H.
and
Warner
,
M. E.
,
Proc Royal Soc. Lond B BiolSci
,
277
(
1696
):
2925
2934
(
2010
).
57.
Sea
Temperature
.
Lombok Water Temperature Today
.
Sea Temperature
(
2019
)
58.
Hoegh-Guldberg
,
O.
and
Fine
,
M.
,
Coral Reefs
,
23
(
3
):
444
444
(
2004
).
59.
Kennedy
,
E. V.
,
Tonk
,
L.
,
Foster
,
N. L.
,
Chollet
,
I.
,
Ortiz
,
J-C.
,
Dove
,
S.
,
Hoegh-Guldberg
,
O.
,
Mumby
,
P. J.
and
Stevens
,
J. R.
,
Proc R Soc
,
283
(
1842
):
20161938
(
2016
).
60.
Chen
,
C. A.
,
Yang
,
Y.
,
Wei
,
N. V.
,
Tsai
,
W.
and
Fang
,
L. S.
,
Coral Reefs
,
24
(
1
):
11
22
(
2005
).
61.
Wong
,
J. C.
,
Thompson
,
P.
,
Xie
,
J. Y.
,
Qiu
,
J.
and
Baker
,
D. M.
,
Reg Stud Mar Sci
,
8
(
3
):
439
444
(
2016
).
62.
Little
,
A. F.
,
van Oppen
,
M. J.
and
Willis
,
B. L.
,
Science
,
304
(
5676
):
1492
1494
(
2004
).
63.
Putnam
,
H. M.
,
Stat
,
M.
,
Pochon
,
X.
and
Gates
,
R. D.
,
Proc Royal Soc. Lond B BiolSci
,
279
(
1746
):
4352
4361
(
2012
).
64.
Deschaseaux
,
E. S.
,
Beltran
,
V. H.
,
Jones
,
G. B.
,
Deseo
,
M. A.
,
Swan
,
H. B.
,
Harrison
,
P. L.
and
Eyre
,
B. D.
,
J Exp Mar BiolEcol
,
459
:
181
189
(
2014
).
65.
Smith
,
E. G.
,
Vaughan
,
G. O.
,
Ketchum
,
R. N.
,
McParland
,
D.
and
Burt
,
J. A.
,
Sci Rep
,
7
(
2428
) (
2017b
).
66.
Ralph
,
P. J.
,
Gademann
,
R.
and
Larkum
,
A. W.
,
Mar EcolProgSer
,
220
:
163
168
(
2001
).
67.
Copper
,
T. F.
,
Berkelmans
,
R.
,
Ulstrup
,
K. E.
,
Weeks
,
S.
,
Radford
,
B.
,
Jones
,
A. M.
,
Doyle
,
J.
,
Canto
,
M.
and
O’Leary
,
R. A.
,
Plos One
,
6
(
10
) (
2011
).
68.
LaJeunesse
,
T. C.
,
Wham
,
D. C.
,
Pettay
,
D. T.
,
Parkinson
,
J. E.
,
Keshavmurthy
,
S.
and
Chen
,
C. A.
,
J Phycol
,
53
(
4
):
305
319
(
2014
).
69.
Baker
,
A. C.
,
Starger
,
C. J.
,
McClanahan
,
T. R.
and
Glynn
,
P. W.
,
Nature
,
430
(
7001
):
741
(
2004
).
70.
Hume
,
B.
,
D’Angelo
,
C.
,
Burt
,
J.
,
Baker
,
A. C.
,
Riegl
,
B.
and
Wiedenmann
,
J.
,
Mar Pollut Bull
,
72
(
2
):
313
322
(
2013
).
71.
Ziegler
,
M.
,
Eguiluz
,
V. M.
,
Duarte
,
C. M.
and
Voolstra
,
C. R.
,
The ISME Journal
,
12
(
1
):
161
172
(
2018
).
72.
Coffroth
,
M.
and
Santos
,
S.
,
Protist
,
156
(
1
):
19
34
(
2005
).
73.
Yamashita
,
H.
,
Suzuki
,
G.
,
Sayaka
,
K.
,
Hayashibara
,
T.
and
Koike
,
K.
,
Plos One
,
9
(
5
):
e97003
(
2014
).
74.
Pochon
,
X. J.
,
Pawlowski
,
L.
,
Zaninetti
,
L.
and
Rowan
,
R.
,
Mar Biol
,
139
(
6
):
1069
1078
(
2001
).
75.
Kinzie
,
R.
,
Takayama
,
M.
,
Santos
,
S. R.
and
Coffroth
,
M. A.
,
Biol Bull
,
200
(
1
):
51
58
(
2001
).
This content is only available via PDF.