Conformational analysis of (2S,4R)-4-hydroxyproline-containing podand based on bias-exchange well-tempered metadynamics computation was performed, and the most representative conformers were selected from generated manifold of conformations by two approaches: by direct clustering by GROMOS algorithm and by partitioning conformations according to torsion angles of polyether chain and free energies of conformers.

1.
E.
Weber
,
J. L.
Toner
,
I.
Goldberg
,
F.
Vögtle
,
D. A.
Laidler
,
J. F.
Stoddart
,
R. A.
Bartsch
and
C. L.
Liotta
,
Crown Ethers and Analogs
(
John Wiley & Sons Ltd
,
Chichester, New York, Brisbane, Toronto, Singapore
),
153
168
(
1989
).
2.
I. G.
Ovchinnikova
,
O. V.
Fedorova
,
P. A.
Slepukhin
,
I. A.
Litvinov
and
G. L.
Rusinov
,
Crystallogr. Rep.
54
,
31
39
(
2009
).
3.
Y. A.
Titova
,
I. G.
Ovchinnikova
,
O. V.
Fedorova
,
G. L.
Rusinov
and
V. N.
Charushin
,
MDPI Proceeds.
1
,
12
(
2018
).
4.
O. S.
Borodina
,
G. I.
Makarov
,
E. V.
Bartashevich
,
I. G.
Ovchinnikova
,
Y. A.
Titova
,
O. V.
Fedorova
,
G. L.
Rusinov
and
V. N.
Charushin
,
Chem. Heterocycl. Compd.
55
,
755
761
(
2019
).
5.
C.
Domene
,
P.
Barbini
and
S.
Furini
,
J. Chem. Theory Comput.
11
,
1896
1906
(
2015
).
6.
A.
Barducci
,
G.
Bussi
and
M.
Parrinello
,
Phys. Rev. Lett.
100
,
020603
(
2008
).
7.
A.
Laio
and
F. L.
Gervasio
,
Rep. Prog. Phys.
71
,
126601
(
2008
).
8.
X.
Daura
,
K.
Gademann
,
B.
Jaun
,
D.
Seebach
,
W. F.
Van Gunsteren
and
A. E.
Mark
,
Angew. Chem. Int.
Ed.
38
,
236
240
(
1999
).
9.
M. J.
Frisch
,
G. W.
Trucks
,
H. B.
Schlegel
,
G. E.
Scuseria
,
M. A.
Robb
,
J. R.
Cheeseman
,
G.
Scalmani
,
V.
Barone
,
G. A.
Petersson
,
H.
Nakatsuji
,
X.
Li
,
M.
Caricato
,
A.
Marenich
,
J.
Bloino
,
B. G.
Janesko
,
R.
Gomperts
,
B.
Mennucci
,
H. P.
Hratchian
,
J. V.
Ortiz
,
A. F.
Izmaylov
,
J. L.
Sonnenberg
,
D.
Williams-Young
,
F.
Ding
,
F.
Lipparini
,
F.
Egidi
,
J.
Goings
,
B.
Peng
,
A.
Petrone
,
T.
Henderson
,
D.
Ranasinghe
,
V. G.
Zakrzewski
,
J.
Gao
,
N.
Rega
,
G.
Zheng
,
W.
Liang
,
M.
Hada
,
M.
Ehara
,
K.
Toyota
,
R.
Fukuda
,
J.
Hasegawa
,
M.
Ishida
,
T.
Nakajima
,
Y.
Honda
,
O.
Kitao
,
H.
Nakai
,
T.
Vreven
,
K.
Throssell
,
J. A.
Montgomery
, Jr.,
J. E.
Peralta
,
F.
Ogliaro
,
M.
Bearpark
,
J. J.
Heyd
,
E.
Brothers
,
K. N.
Kudin
,
V. N.
Staroverov
,
T.
Keith
,
R.
Kobayashi
,
J.
Normand
,
K.
Raghavachari
,
A.
Rendell
,
J. C.
Burant
,
S. S.
Iyengar
,
J.
Tomasi
,
M.
Cossi
,
J. M.
Millam
,
M.
Klene
,
C.
Adamo
,
R.
Cammi
,
J. W.
Ochterski
,
R. L.
Martin
,
K.
Morokuma
,
O.
Farkas
,
J. B.
Foresman
, and
D. J.
Fox
, Gaussian 09 Revision A.03; Wallingford CT (
2016
).
10.
B.
Mennucci
,
J.
Tomasi
,
R.
Cammi
,
J. R.
Cheeseman
,
M. J.
Frisch
,
F. J.
Devlin
,
S.
Gabriel
and
P. J.
Stephens
,
J. Phys. Chem. A
106
,
6102
(
2002
).
11.
G. A.
Tribello
,
M.
Bonomi
,
D.
Branduardi
,
C.
Camilloni
and
G.
Bussi
,
Comput. Phys. Commun.
185
,
604
(
2014
).
This content is only available via PDF.
You do not currently have access to this content.