We present a short overview of the recent developments and applications of the SIBFA (Sum of Interactions Between Fragments Ab initio computed) polarizable force field.
REFERENCES
1.
D.A.
Case
, D.S.
Cerutti
, T.E.
Cheatham
, III, T.A.
Darden
, R.E.
Duke
, T.J.
Giese
, H.
Gohlke
, A.W.
Goetz
, D.
Greene
, N.
Homeyer
, S.
Izadi
, A.
Kovalenko
, T.S.
Lee
, S.
LeGrand
, P.
Li
, C.
Lin
, J.
Liu
, T.
Luchko
, R.
Luo
, D.
Mermelstein
, K.M.
Merz
, G.
Monard
, H.
Nguyen
, I.
Omelyan
, A.
Onufriev
, F.
Pan
, R.
Qi
, D.R.
Roe
, A.
Roitberg
, C.
Sagui
, C.L.
Simmerling
, W.M.
Botello-Smith
, J.
Swails
, R.C.
Walker
, J.
Wang
, R.M.
Wolf
, X.
Wu
, L.
Xiao
, D.M.
York
and P.A.
Kollman
(2017
), AMBER 2017
, University of California
, San Francisco
.2.
B.R.
Brooks
, C.L.
Brooks
, III, A.D.
MacKerell
, Jr., L.
Nilsson
, R.J.
Petrella
, B.
Roux
, Y.
Won
, G.
Archontis
, C.
Bartels
, S.
Boresch
, A.
Caflisch
, L.
Caves
, Q.
Cui
, A.R.
Dinner
, M.
Feig
, S.
Fischer
, J.
Gao
, M.
Hodoscek
, W.
Im
, K.
Kuczera
, T.
Lazaridis
, J.
Ma
, V.
Ovchinnikov
, E.
Paci
, R.W.
Pastor
, C.B.
Post
, J.Z.
Pu
, M.
Schaefer
, B.
Tidor
, R. M.
Venable
, H. L.
Woodcock
, X.
Wu
, W.
Yang
, D.M.
York
, and M.
Karplus
, J Comput Chem.
30
, 1545
–1614
(2009
).3.
H. J. C.
Berendsen
. D.
van der Spoel
, R.
van Drunen
, Comp. Phys. Comm.
91
, 43
–56
(1995
)4.
J. C.
Phillips
, R.
Braun
, W.
Wang
, J.
Gumbart
, E.
Tajkhorshid
, E.
Villa
, C.
Chipot
, R. D.
Skeel
, L.
Kalé
, K.
Schulten
, J. Comput. Chem
26
, 1781
–1802
(2005
)5.
N.
Gresh
, G. A.
Cisneros
, T. A.
Darden
and J-P
Piquemal
, J. Chem. Theory. Comput.
, 3
, 1960
–1986
(2007
)6.
P.
Ren
and J. W.
Ponder
, J. Phys. Chem. B
, 107
, 5933
–5947
(2003
)7.
M.
Harger
, D.
Li
, Z.
Wang
, K.
Dalby
, L.
Lagardère
, J.-P.
Piquemal
, J.
Ponder
, P.
Ren
, J. Comput. Chem.
, in press (2017
)9.
F.
Aviat
, A.
Levitt
, Y.
Maday
, B.
Stamm
, P. Y.
Ren
, J. W.
Ponder
, L.
Lagardere
, J.-P.
Piquemal
, J. Chem. Theory. Comput.
, 13
, 180
–190
(2017
)10.
a)
F.
Lipparini
, L.
Lagardere
, B.
Stamm
, E.
Cances
, M.
Schnieders
, P. Y.
Ren
, Y.
Maday
and J.-P.
Piquemal
, J. Chem. Theory. Comput.
, 10
, 1638
–1651
(2014
);
[PubMed]
b)
L.
Lagardere
, F.
Lipparini
, E.
Polack
, B.
Stamm
, E.
Cances
, M.
Schnieders
, P. Y.
Ren
, Y.
Maday
and J.-P.
Piquemal
, J. Chem. Theory. Comput.
, 11
, 2589
–2599
(2015
)
[PubMed]
11.
F.
Lipparini
, L.
Lagardere
, C.
Raynaud
, B.
Stamm
, E.
Cances
, M.
Schnieders
, P. Y.
Ren
, B.
Mennucci
, Y.
Maday
and J.-P.
Piquemal
, J. Chem. Theory. Comput.
, 11
, 623
–634
(2015
)12.
a)
E. G.
Kratz
, A. R.
Walker
, L.
Lagardere
, F.
Lipparini
, J.-P.
Piquemal
and G. A.
Cisneros
, J. Comput. Chem.
, 37
, 1019
–1029
(2016
);
[PubMed]
b)
D.
Loco
, E.
Polack
, S.
Caprasecca
, L.
Lagardere
, F.
Lipparini
, J.-P.
Piquemal
and B.
Mennucci
, J. Chem. Theory. Comput.
, 12
, 3654
–3661
(2016
)
[PubMed]
13.
B.
Jeziorski
, R.
Moszyński
, and K.
Szalewicz
, Chem. Rev.
94
, 1887
(1994
).14.
J-P.
Piquemal
, A.
Marquez
, O.
Parisel
and C.
Giessner-Prettre
, J. Comput. Chem.
26
, 1052
–1062
(2005
)15.
J-P.
Piquemal
, N.
Gresh
and C.
Giessner-Prettre
, J. Phys. Chem A
107
, 10353
–10359
(2003
)16.
c)
L.
El-Khoury
, S.
Naseem-Khan
, K.
Kwapien
, D.
Perahia
, Z.
Hobaika
, R.
Maroun
, J.-P.
Piquemal
, N.
Gresh
, J. Comput. Chem.
, in press (2017
), DOI: 17.
a)
N.
Gresh
, J. E.
Sponer
, M.
Devereux
, B.
de Courcy
, J-P.
Piquemal
, J.
Sponer
, J. Phys. Chem. B
, 119
, 9477
–9495
(2015
);
[PubMed]
b)
N.
Gresh
, K.
Hage
, D.
Perahia
, J-P.
Piquemal
, C.
Berthomieu
, D.
Berthomieu
., J. Comput. Chem.
, 35
, 2096
–2106
(2014
);
[PubMed]
c)
K.
El Hage
, J.-P.
Piquemal
, Z.
Hobaika
, R. G.
Maroun
, N.
Gresh
, J. Phys. Chem. A
118
, 9772
–9782
(2014
);
[PubMed]
d)
M.
Devereux
, N.
Gresh
, J.-P.
Piquemal
and M.
Meuwly
, J. Comput. Chem.
35
, 1577
–1591
(2014
);
[PubMed]
e)
N.
Gresh
, D.
Perahia
, B.
de Courcy
, J.
Foret
, C.
Roux
, L.
El-Khoury
, J-P.
Piquemal
, L.
Salmon
, J. Comput. Chem.
, 37
, 2770
–2782
(2016
);
[PubMed]
f)
N.
Gresh
, S.
Naseem-Khan
, L.
Lagardère
, J.-P.
Piquemal
, J. E.
Sponer
, J.
Sponer
, J. Phys. Chem. B
, 121
, 3997
–4014
(2017
).
[PubMed]
18.
a)
C.
Gourlaouen
, H.
Gérard
, J.-P.
Piquemal
and O.
Parisel
, 2008, Chem. Eur. Journ.
14
, 2730
–2743
(2008
);b)
C.
Gourlaouen
, J-P.
Piquemal
, T.
Saue
and O.
Parisel
, J. Comput. Chem.
27
, 142
–156
(2006
)
[PubMed]
19.
M.
Devereux
, M.-C.
van Severen
, O.
Parisel
, J-P
Piquemal
and N.
Gresh
, J. Chem. Theo. Comput.
7
, 138
–147
(2011
)20.
A.
Marjolin
, C.
Gourlaouen
, C.
Clavaguera
, N.
Gresh
, P. Y.
Ren
, J.
Wu
, J.-P.
Dognon
and J.-P.
Piquemal
, Theo. Chem. Acc.
, 131
, 1198
(2012
)21.
C.
Narth
, L.
Lagardere
, E.
Polack
, N.
Gresh
, Q.
Wang
, D. R.
Bell
, J.
Rackers
, J.
Ponder
, P.
Ren
and Jean-Philip
Piquemal
, J. Comput. Chem.
, 37
, 494
–506
(2016
)22.
J.
Zhang
, W.
Yang
, J.-P.
Piquemal
and P.
Ren
, J. Chem. Theo. Comput.
, 18
, 1314
–1324
(2012
)23.
a)
J-P.
Piquemal
, G. A.
Cisneros
, P.
Reinhardt
, N.
Gresh
and T. A.
Darden
, J. Chem. Phys.
124
, 104101
(2006
);
[PubMed]
b)
G. A.
Cisneros
, J-P.
Piquemal
and T. A.
Darden
, J. Phys. Chem. B.
110
, 13682
–13684
(2006
);
[PubMed]
d)
R.
Duke
, O.
Starovoytov
, J.-P.
Piquemal
, and G. A.
Cisneros
, J. Chem. Theory Comput.
10
, 1361
–1365
(2014
)
[PubMed]
This content is only available via PDF.
© 2017 Author(s).
2017
Author(s)
You do not currently have access to this content.
